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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 粗粒化溶剂建模问题
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 粗粒化溶剂建模问题 已有1人参与

各位MS高手，想用mesocite做粗粒化模拟，构建好了聚合物，现在卡在构建溶剂上了。就以构建水溶剂为例，看了help，说是先构建mesostructure template，再在mesostructure里packing any mesomolecules，对照着弄了半天还是没有弄出来，求高手支招。
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1楼 2015-05-13 15:00:57
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-14 09:55:13
Question 1：噢，不好意思，由于添加的水分子是以前盒子中的水分子，所以我给你演示的盒子对于水分子来说是另一个former，即water to 2 formers。我重新构建盒子和水分子再添加就是to 1 former（如图1）；
Questi ...

填充的时候的相对量是质量还是摩尔量？如果我添加的polymer是聚电解质，那么需要在溶液中添加相反电荷的抗衡粒子来平衡电荷，此时是需要准确的个数的，我如何能像在Amorphous Cell里那样准确地填充粒子个数呢？
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7楼2015-05-14 11:08:06
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
赵红霞(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-05-14 08:11:36
赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子，假设命名为polymer（如图1），然后在Filler中Add进去一个文件water（如图2），说明此时这个盒子的填充物有polymer和water；
②使用Mesostructure将填充物填充到盒子中，这时不要将Mesostructure Template.msd文件关闭，否则不能添加。
粗粒化溶剂建模问题
图1.png


粗粒化溶剂建模问题-1
图2.png
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用青春书写青春
2楼2015-05-13 16:32:49
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-13 16:32:49
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子，假设命名为polymer（如图1），然后在Filler中Add进去一个文件water（如图2），说明此时这个盒子的填充物有polymer和water；
②使用Mesostructur ...

按照您的方法，
①在Mesostructure Template构建一个system的盒子（former），命名为polymer，点击build（因为此时Fillers和Formers都是灰色的），这样就建立了一个box，进去Fillers，看到只有polymer，于是Add一个Filler，命名为water。
②使用Mesostructure将water和polymer填充到盒子中。

问题出现了：
第①操作完之后在您的图2的下方，Assign的右边，显示的是2formers，我只有1former，也就是说我只有一个former，所以在第②步填充的时候只能填充一种成分了。请问这是怎么回事？

我只有在①中继续build一个former才能填充2种成分，而且在第②步添加polymer的时候个数那一栏我填的是1，为什么总是添加了2个polymer进去。请问这又是咋回事？
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3楼2015-05-14 08:50:25
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-13 16:32:49
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子，假设命名为polymer（如图1），然后在Filler中Add进去一个文件water（如图2），说明此时这个盒子的填充物有polymer和water；
②使用Mesostructur ...

如果只build有一个former，虽然是可以Add filler，但是在填充的时候也只能一种filler，如果是build两个former，那么填充的时候默认为两个相（两个区域），互不相溶。
我希望polymer和water同时添加，混为一体的，如何操作？
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4楼2015-05-14 09:09:51
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