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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 粗粒化溶剂建模问题 已有1人参与

各位MS高手,想用mesocite做粗粒化模拟,构建好了聚合物,现在卡在构建溶剂上了。就以构建水溶剂为例,看了help,说是先构建mesostructure template,再在mesostructure里packing any mesomolecules,对照着弄了半天还是没有弄出来,求高手支招。
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-14 09:55:13
Question 1:噢,不好意思,由于添加的水分子是以前盒子中的水分子,所以我给你演示的盒子对于水分子来说是另一个former,即water to 2 formers。我重新构建盒子和水分子再添加就是to 1 former(如图1);
Questi ...

填充的时候的相对量是质量还是摩尔量?如果我添加的polymer是聚电解质,那么需要在溶液中添加相反电荷的抗衡粒子来平衡电荷,此时是需要准确的个数的,我如何能像在Amorphous Cell里那样准确地填充粒子个数呢?
7楼2015-05-14 11:08:06
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵红霞(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助! 2015-05-14 08:11:36
赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子,假设命名为polymer(如图1),然后在Filler中Add进去一个文件water(如图2),说明此时这个盒子的填充物有polymer和water;
②使用Mesostructure将填充物填充到盒子中,这时不要将Mesostructure Template.msd文件关闭,否则不能添加。
粗粒化溶剂建模问题
图1.png


粗粒化溶剂建模问题-1
图2.png

用青春书写青春
2楼2015-05-13 16:32:49
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-13 16:32:49
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子,假设命名为polymer(如图1),然后在Filler中Add进去一个文件water(如图2),说明此时这个盒子的填充物有polymer和water;
②使用Mesostructur ...

按照您的方法,
①在Mesostructure Template构建一个system的盒子(former),命名为polymer,点击build(因为此时Fillers和Formers都是灰色的),这样就建立了一个box,进去Fillers,看到只有polymer,于是Add一个Filler,命名为water。
②使用Mesostructure将water和polymer填充到盒子中。

问题出现了:
第①操作完之后在您的图2的下方,Assign的右边,显示的是2formers,我只有1former,也就是说我只有一个former,所以在第②步填充的时候只能填充一种成分了。请问这是怎么回事?

我只有在①中继续build一个former才能填充2种成分,而且在第②步添加polymer的时候个数那一栏我填的是1,为什么总是添加了2个polymer进去。请问这又是咋回事?
3楼2015-05-14 08:50:25
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-05-13 16:32:49
那就以水溶剂为例吧。
①使用Mesostructure Template构建一个盒子,假设命名为polymer(如图1),然后在Filler中Add进去一个文件water(如图2),说明此时这个盒子的填充物有polymer和water;
②使用Mesostructur ...

如果只build有一个former,虽然是可以Add filler,但是在填充的时候也只能一种filler,如果是build两个former,那么填充的时候默认为两个相(两个区域),互不相溶。
我希望polymer和water同时添加,混为一体的,如何操作?
4楼2015-05-14 09:09:51
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