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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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[求助]
粗粒化溶剂建模问题 已有1人参与
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| 各位MS高手，想用mesocite做粗粒化模拟，构建好了聚合物，现在卡在构建溶剂上了。就以构建水溶剂为例，看了help，说是先构建mesostructure template，再在mesostructure里packing any mesomolecules，对照着弄了半天还是没有弄出来，求高手支招。 |
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 xuexijisuan |
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【答案】应助回帖
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赵红霞(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-05-14 08:11:36
赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
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赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
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那就以水溶剂为例吧。 ①使用Mesostructure Template构建一个盒子，假设命名为polymer（如图1），然后在Filler中Add进去一个文件water（如图2），说明此时这个盒子的填充物有polymer和water； ②使用Mesostructure将填充物填充到盒子中，这时不要将Mesostructure Template.msd文件关闭，否则不能添加。  图1.png  图2.png |
2楼2015-05-13 16:32:49
赵红霞
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按照您的方法， ①在Mesostructure Template构建一个system的盒子（former），命名为polymer，点击build（因为此时Fillers和Formers都是灰色的），这样就建立了一个box，进去Fillers，看到只有polymer，于是Add一个Filler，命名为water。 ②使用Mesostructure将water和polymer填充到盒子中。 问题出现了： 第①操作完之后在您的图2的下方，Assign的右边，显示的是2formers，我只有1former，也就是说我只有一个former，所以在第②步填充的时候只能填充一种成分了。请问这是怎么回事？ 我只有在①中继续build一个former才能填充2种成分，而且在第②步添加polymer的时候个数那一栏我填的是1，为什么总是添加了2个polymer进去。请问这又是咋回事？ |
3楼2015-05-14 08:50:25
赵红霞
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4楼2015-05-14 09:09:51
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5楼2015-05-14 09:55:13
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7楼2015-05-14 11:08:06
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8楼2015-05-14 11:33:15
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董小莹9楼2015-05-14 13:39:31
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我算了一下，相对量的比值应该不是摩尔比（1:1的时候摩尔质量并不相等）。 ①要想在盒子中只添加一条聚合物，我拿我的油水混合模型举个例子吧，即相当于我在水相中只添加一条油链。我的Density设定为0.00836，相对量比值为1:1时构建的盒子如图1所示。在保证Density不变的情况下，我把相对量的比值设定为1:99（有些夸张啊，不过我也试了1:50左右，目的就是为了让油链减少），构建的盒子如图2所示，只有一条油链了。所以我猜想聚合物可不可以这样添加，但是我没有做过聚合物o(╯□╰)o ②关于带电荷，全原子里面是要保证体系的电荷为0，粗粒度的电荷问题我不是很清楚，因为油水体系都不带电荷，我会关注这方面的。  图1.png  图2.png |
10楼2015-05-14 16:36:37