| 查看: 2275 | 回复: 11 | |||
赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
粗粒化溶剂建模问题 已有1人参与
|
||
| 各位MS高手，想用mesocite做粗粒化模拟，构建好了聚合物，现在卡在构建溶剂上了。就以构建水溶剂为例，看了help，说是先构建mesostructure template，再在mesostructure里packing any mesomolecules，对照着弄了半天还是没有弄出来，求高手支招。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan |
» 猜你喜欢
一志愿武理材料工程348求调剂
已经有6人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有11人回复
-
一志愿华中农业071010，总分320求调剂
已经有6人回复
-
323求调剂
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有5人回复
-
317求调剂
已经有16人回复
-
287求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
环境学硕288求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何利用lammps做粗粒化
已经有16人回复
- lammps中LJ势能下单位问题
已经有5人回复
- MS粗粒化模型如何导入lammps
已经有10人回复
- 关于gromacs残基不识别的问题
已经有17人回复
- 粗粒化模型建模之后分配力场问题
已经有14人回复
- 粗粒化模型问题
已经有5人回复
- 粗粒化模拟求助
已经有6人回复
- 关于水分子模型的问题
已经有4人回复
- MS模拟 周期性条件 没有看到分子进入模拟盒
已经有5人回复
- 分子力场中非键能
已经有4人回复
- 急求解答，关于力场的电荷参数！！！
已经有4人回复
- 水分子模型问题
已经有12人回复
- 关于DNA连接的纳米粒子自组装的分子动力学模拟，求交流和分享
已经有15人回复
- 求质心，粗粒化后的参数获取
已经有10人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- 求助水分子的粗粒化力场参数，3个4个水分子的都行
已经有6人回复
- 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
已经有10人回复
- 欲对晶粒粗大的60钢进行晶粒细化，应采取什么措施？
已经有12人回复
- 水分子建模方法
已经有6人回复
- 关于3个水分子的粗粒化
已经有13人回复
- 【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了
已经有14人回复
congtaiupc
金虫 (小有名气)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 1912.4
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 215
- 在线: 54.2小时
- 虫号: 3324935
- 注册: 2014-07-15
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
赵红霞(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-05-14 08:11:36
赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
感谢参与，应助指数 +1
赵红霞(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-05-14 08:11:36
赵红霞: 金币+18, ★★★★★最佳答案 2015-05-14 08:14:53
|
那就以水溶剂为例吧。 ①使用Mesostructure Template构建一个盒子，假设命名为polymer（如图1），然后在Filler中Add进去一个文件water（如图2），说明此时这个盒子的填充物有polymer和water； ②使用Mesostructure将填充物填充到盒子中，这时不要将Mesostructure Template.msd文件关闭，否则不能添加。  图1.png  图2.png |
2楼2015-05-13 16:32:49
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
|
按照您的方法， ①在Mesostructure Template构建一个system的盒子（former），命名为polymer，点击build（因为此时Fillers和Formers都是灰色的），这样就建立了一个box，进去Fillers，看到只有polymer，于是Add一个Filler，命名为water。 ②使用Mesostructure将water和polymer填充到盒子中。 问题出现了： 第①操作完之后在您的图2的下方，Assign的右边，显示的是2formers，我只有1former，也就是说我只有一个former，所以在第②步填充的时候只能填充一种成分了。请问这是怎么回事？ 我只有在①中继续build一个former才能填充2种成分，而且在第②步添加polymer的时候个数那一栏我填的是1，为什么总是添加了2个polymer进去。请问这又是咋回事？ |
3楼2015-05-14 08:50:25
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2015-05-14 09:09:51
congtaiupc
金虫 (小有名气)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 1912.4
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 215
- 在线: 54.2小时
- 虫号: 3324935
- 注册: 2014-07-15
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
5楼2015-05-14 09:55:13
声梦奇缘001
木虫 (正式写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5597.4
- 红花: 5
- 帖子: 614
- 在线: 218.7小时
- 虫号: 2406187
- 注册: 2013-04-07
- 专业: 化学工程及工业化学
6楼2015-05-14 11:05:48
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
7楼2015-05-14 11:08:06
congtaiupc
金虫 (小有名气)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 1912.4
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 215
- 在线: 54.2小时
- 虫号: 3324935
- 注册: 2014-07-15
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
8楼2015-05-14 11:33:15
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
董小莹9楼2015-05-14 13:39:31
congtaiupc
金虫 (小有名气)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 1912.4
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 215
- 在线: 54.2小时
- 虫号: 3324935
- 注册: 2014-07-15
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
|
我算了一下，相对量的比值应该不是摩尔比（1:1的时候摩尔质量并不相等）。 ①要想在盒子中只添加一条聚合物，我拿我的油水混合模型举个例子吧，即相当于我在水相中只添加一条油链。我的Density设定为0.00836，相对量比值为1:1时构建的盒子如图1所示。在保证Density不变的情况下，我把相对量的比值设定为1:99（有些夸张啊，不过我也试了1:50左右，目的就是为了让油链减少），构建的盒子如图2所示，只有一条油链了。所以我猜想聚合物可不可以这样添加，但是我没有做过聚合物o(╯□╰)o ②关于带电荷，全原子里面是要保证体系的电荷为0，粗粒度的电荷问题我不是很清楚，因为油水体系都不带电荷，我会关注这方面的。  图1.png  图2.png |
10楼2015-05-14 16:36:37
