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DZQ196536

新虫 (初入文坛)

[交流] 真菌ITS保守序列PCR无条带 已有3人参与

如题,我最近做真菌菌种鉴定,利用ITS1和ITS4作引物来扩增保守序列,然后测序,在genebank进行比对。但在做PCR的过程中,总有些菌无条带,不知道是哪里的问题。我提取基因组DNA用的快提法,即核酸提取仪破碎,除蛋白直接用上清液做模板。PCR应该没问题,所做真菌包括青霉菌,曲霉等。求各位大神解答。
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林夕0825

金虫 (初入文坛)


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我也在做真菌鉴定,可是用ITS1和ITS4扩增出来的条带然后比对,可是所有的相似度都是99%甚至有些都是100%的,到底该确定那个才是我的这个菌呢?
2楼2015-05-12 10:06:42
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IPCAAS

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 林夕0825 at 2015-05-12 10:06:42
我也在做真菌鉴定,可是用ITS1和ITS4扩增出来的条带然后比对,可是所有的相似度都是99%甚至有些都是100%的,到底该确定那个才是我的这个菌呢?

首先从形态学上菌落颜色,气生菌丝的特征以及子实体和分生孢子的形态上观察,判别病菌的种类,再结合ITS序列比对,找相似性99-100%以上的而且种类最多的种,最好再扩增真菌的其他基因片段进行验证,比如BT,EF1α基因等等。
3楼2015-06-09 15:53:43
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木子君君

新虫 (初入文坛)


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我也是,做的混菌,用的引物是ITS4,扩增不出条带,好难受,你现在解决了吗问题
4楼2021-10-21 11:08:10
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