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eagle_edu

金虫 (正式写手)

[求助] 古菌PCR阴性对照为什么有条带啊?

古菌PCR阴性对照有条带了,不知什么原因,我是用的958F和1408这两种引物。PCR体系是用的天根的mix,单独跑阴性对照也会出现条带。这是什么原因呢?
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
eagle_edu: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-03-07 10:31:17
你的阴性对照用的模板是公司里买的PCR专用水吗?
如果不是,可以考虑换一下水。
如果是,那么,提高退火温度试试。
如果提高退火温度还不行,那么,就只有换引物我觉得。此外,超纯水灭菌30分钟只能把DNA打成弥散,以我的经验,植物基因组总DNA灭菌后,打成10-400bp的弥散DNA,可以用于基因组原位杂交。如果你设计引物扩增片段很短的话,就容易出现你提到的情况。
2楼2013-03-07 09:33:39
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eagle_edu

金虫 (正式写手)

谢谢!我扩的是古菌的V6区,引物是用的文献上提供的,很多都用这个引物,水的话公司提供的和自己灭菌的都用了,只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些,自己灭菌的水条带很亮,与marker对照,几乎在100BP
3楼2013-03-07 10:30:51
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eagle_edu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2013-03-07 09:33:39
你的阴性对照用的模板是公司里买的PCR专用水吗?
如果不是,可以考虑换一下水。
如果是,那么,提高退火温度试试。
如果提高退火温度还不行,那么,就只有换引物我觉得。此外,超纯水灭菌30分钟只能把DNA打成弥散 ...

谢谢!我扩的是古菌的V6区,引物是用的文献上提供的,很多都用这个引物,水的话公司提供的和自己灭菌的都用了,只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些,自己灭菌的水条带很亮,与marker对照,几乎在100BP
4楼2013-03-07 10:31:22
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by eagle_edu at 2013-03-07 10:31:22
谢谢!我扩的是古菌的V6区,引物是用的文献上提供的,很多都用这个引物,水的话公司提供的和自己灭菌的都用了,只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些,自己灭菌的水条带很亮,与marker对照,几乎在100BP...

如果这个100bp与你的目标片段大小不同,倒是可以用,将背景调暗就行了。如果在同一个位置,个人觉得就不可用,有的实验结果确实是很难或者无法重复的。
5楼2013-03-07 14:10:48
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liutong1026

铜虫 (小有名气)

请问你的这个问题解决了没,我现在也出现这个问题了,求解救
6楼2013-11-06 17:03:12
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