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eagle_edu

金虫 (正式写手)

[求助] 古菌PCR阴性对照为什么有条带啊？

古菌PCR阴性对照有条带了，不知什么原因，我是用的958F和1408这两种引物。PCR体系是用的天根的mix，单独跑阴性对照也会出现条带。这是什么原因呢？
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1楼 2013-03-06 20:31:25
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eagle_edu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2013-03-07 09:33:39
你的阴性对照用的模板是公司里买的PCR专用水吗？
如果不是，可以考虑换一下水。
如果是，那么，提高退火温度试试。
如果提高退火温度还不行，那么，就只有换引物我觉得。此外，超纯水灭菌30分钟只能把DNA打成弥散 ...

谢谢！我扩的是古菌的V6区，引物是用的文献上提供的，很多都用这个引物，水的话公司提供的和自己灭菌的都用了，只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些，自己灭菌的水条带很亮，与marker对照，几乎在100BP
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4楼2013-03-07 10:31:22
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
eagle_edu: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-03-07 10:31:17
你的阴性对照用的模板是公司里买的PCR专用水吗？
如果不是，可以考虑换一下水。
如果是，那么，提高退火温度试试。
如果提高退火温度还不行，那么，就只有换引物我觉得。此外，超纯水灭菌30分钟只能把DNA打成弥散，以我的经验，植物基因组总DNA灭菌后，打成10-400bp的弥散DNA，可以用于基因组原位杂交。如果你设计引物扩增片段很短的话，就容易出现你提到的情况。
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2楼2013-03-07 09:33:39
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eagle_edu

金虫 (正式写手)
谢谢！我扩的是古菌的V6区，引物是用的文献上提供的，很多都用这个引物，水的话公司提供的和自己灭菌的都用了，只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些，自己灭菌的水条带很亮，与marker对照，几乎在100BP
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3楼2013-03-07 10:30:51
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by eagle_edu at 2013-03-07 10:31:22
谢谢！我扩的是古菌的V6区，引物是用的文献上提供的，很多都用这个引物，水的话公司提供的和自己灭菌的都用了，只是公司提供的水扩增后阴性对照条带暗一些，自己灭菌的水条带很亮，与marker对照，几乎在100BP...

如果这个100bp与你的目标片段大小不同，倒是可以用，将背景调暗就行了。如果在同一个位置，个人觉得就不可用，有的实验结果确实是很难或者无法重复的。
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5楼2013-03-07 14:10:48
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