| 查看: 1967 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
namd/vmd使用求助 已有3人参与
|
||
|
大家好！我有一个问题要请教一下！ 最近刚开始学namd，按照教程学习的时候，在一个地方卡住了，具体的是这样的： 在学习namd-tutorial-unix.pdf里“1.2Generating a Protein Structure File”部分，操作完步骤1,2,3后，在VMD里打开了1UBQ.pdb文件。然后在做第4步时出问题了。 首先按照教程说的，打开VMD TkConsole,切换到1-1-build目录。 然后操作结果如下： >Main< (1-1-build) 19% set ubq [atomselect top protein] atomeselect0 >Main< (1-1-build) 19% $ubq writepdb ubqp.pdb >Main< (1-1-build) 19% 到这里看似没问题。可是再看一下目录下面的文件，发现ubqp.pdb文件没有生成。 有人遇到过这种情况吗？这是怎么回事呀？ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有12人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD/VMD 构建真空层
已经有4人回复
- 求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
- 分子动力学模拟与VMD怎么结合
已经有3人回复
- vmd如何远程加载分子动力学轨迹？
已经有9人回复
- vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
- VMD不显示小分子
已经有8人回复
- 关于VMD可视化的问题
已经有5人回复
- 水分子建模方法
已经有6人回复
- pdb蛋白的处理
已经有7人回复
- 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
已经有10人回复
- 【求助】运行高斯-找不到输入文件？？？？
已经有14人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助/交流】请教：Pearson相关分析具体是怎么用的？
已经有3人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【分享】VMD中文教程
已经有21人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】有人模拟过电泳吗
已经有9人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【求助】Materials-Studio需要什么样的硬件支持才能运行
已经有9人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
- 【分享】分子模拟中作图和看轨迹的软件vmd windows版下载及使用手册
已经有13人回复
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2015-04-26 23:11:02
2楼2015-04-24 10:41:10
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 教程可以在这里下载。 我直接把楼主的两行指令 set ubq [atomselect top protein] $ubq writepdb ubqp.pdb复制贴上发现是没问题的，指令本身并没有错。 请仔细检查所在的目录位置，或者是使用 locate 或 find 这类指令搜寻 ubqp.pdb，或许是生成到其他文件夹了。 |
3楼2015-04-24 11:45:46
4楼2015-04-26 10:27:46
30