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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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mchyhxmyzn

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] namd/vmd使用求助 已有3人参与

大家好！我有一个问题要请教一下！
最近刚开始学namd，按照教程学习的时候，在一个地方卡住了，具体的是这样的：

在学习namd-tutorial-unix.pdf里“1.2Generating a Protein Structure File”部分，操作完步骤1,2,3后，在VMD里打开了1UBQ.pdb文件。然后在做第4步时出问题了。
首先按照教程说的，打开VMD TkConsole,切换到1-1-build目录。
然后操作结果如下：
>Main< (1-1-build)  19% set ubq [atomselect top protein]
atomeselect0
>Main< (1-1-build)  19% $ubq writepdb ubqp.pdb
>Main< (1-1-build)  19%
到这里看似没问题。可是再看一下目录下面的文件，发现ubqp.pdb文件没有生成。
有人遇到过这种情况吗？这是怎么回事呀？
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1楼 2015-04-07 22:58:01
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wbf3ng

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

windows下请将斜杠写为\，并非/

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-04-26 23:11:02
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dubingang

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
我最近也在学namd，楼主用的是什么教程啊
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2楼2015-04-24 10:41:10
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gn02530640

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 教程可以在这里下载。

我直接把楼主的两行指令
set ubq [atomselect top protein]
$ubq writepdb ubqp.pdb复制贴上发现是没问题的，指令本身并没有错。

请仔细检查所在的目录位置，或者是使用 locate 或 find 这类指令搜寻 ubqp.pdb，或许是生成到其他文件夹了。
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3楼2015-04-24 11:45:46
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lyjlyj6690

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

Main console display active (Tcl8.5.6 / Tk8.5.6)
(VMD) 1 % cd e:/namd-tutorial/1-1build
要用cd命令改变其目录，但是出现了下面这段
couldn't change working directory to "e:/namd-tutorial/1-1build": no such file or directory
是我哪里出错了吗？
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4楼2015-04-26 10:27:46
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