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mchyhxmyzn

铁虫 (初入文坛)

[求助] namd/vmd使用求助已有3人参与

大家好！我有一个问题要请教一下！
最近刚开始学namd，按照教程学习的时候，在一个地方卡住了，具体的是这样的：

在学习namd-tutorial-unix.pdf里“1.2Generating a Protein Structure File”部分，操作完步骤1,2,3后，在VMD里打开了1UBQ.pdb文件。然后在做第4步时出问题了。
首先按照教程说的，打开VMD TkConsole,切换到1-1-build目录。
然后操作结果如下：
>Main< (1-1-build)  19% set ubq [atomselect top protein]
atomeselect0
>Main< (1-1-build)  19% $ubq writepdb ubqp.pdb
>Main< (1-1-build)  19%
到这里看似没问题。可是再看一下目录下面的文件，发现ubqp.pdb文件没有生成。
有人遇到过这种情况吗？这是怎么回事呀？
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1楼2015-04-07 22:58:01
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dubingang

新虫 (小有名气)
我最近也在学namd，楼主用的是什么教程啊
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2楼2015-04-24 10:41:10
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gn02530640

银虫 (小有名气)
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 教程可以在这里下载。

我直接把楼主的两行指令
set ubq [atomselect top protein]
$ubq writepdb ubqp.pdb复制贴上发现是没问题的，指令本身并没有错。

请仔细检查所在的目录位置，或者是使用 locate 或 find 这类指令搜寻 ubqp.pdb，或许是生成到其他文件夹了。
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3楼2015-04-24 11:45:46
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lyjlyj6690

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

Main console display active (Tcl8.5.6 / Tk8.5.6)
(VMD) 1 % cd e:/namd-tutorial/1-1build
要用cd命令改变其目录，但是出现了下面这段
couldn't change working directory to "e:/namd-tutorial/1-1build": no such file or directory
是我哪里出错了吗？
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4楼2015-04-26 10:27:46
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

windows下请将斜杠写为\，并非/

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-04-26 23:11:02
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915384165

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主遇到的问题，最大的可能是目录路径的问题。
输入 pwd 可以查看当前目录的
ls 可以看当前目录的文件
一般在windows下运行vmd，如果没有修改过路径，则默认是在vmd的安装目录下工作。
so 如果想更改的话 要注意windows的盘符（C: D: E: F:）
也就是说，要先确定在那个盘符下，然后对应盘符下的目录
如果直接输入cd 可能会进入  C 盘 当前用户目录 so
多用下 ls pwd 还有 tab键补全（有惊喜）
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6楼2015-07-02 10:49:41
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