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namd/vmd使用求助 已有3人参与
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大家好！我有一个问题要请教一下！ 最近刚开始学namd，按照教程学习的时候，在一个地方卡住了，具体的是这样的： 在学习namd-tutorial-unix.pdf里“1.2Generating a Protein Structure File”部分，操作完步骤1,2,3后，在VMD里打开了1UBQ.pdb文件。然后在做第4步时出问题了。 首先按照教程说的，打开VMD TkConsole,切换到1-1-build目录。 然后操作结果如下： >Main< (1-1-build) 19% set ubq [atomselect top protein] atomeselect0 >Main< (1-1-build) 19% $ubq writepdb ubqp.pdb >Main< (1-1-build) 19% 到这里看似没问题。可是再看一下目录下面的文件，发现ubqp.pdb文件没有生成。 有人遇到过这种情况吗？这是怎么回事呀？ |
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2楼2015-04-24 10:41:10
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http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 教程可以在这里下载。 我直接把楼主的两行指令 set ubq [atomselect top protein] $ubq writepdb ubqp.pdb复制贴上发现是没问题的，指令本身并没有错。 请仔细检查所在的目录位置，或者是使用 locate 或 find 这类指令搜寻 ubqp.pdb，或许是生成到其他文件夹了。 |
3楼2015-04-24 11:45:46
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