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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR用cDNA能够扩增出条带，基因组DNA却扩增不出来
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fanwq258

木虫 (正式写手)

[求助] PCR用cDNA能够扩增出条带，基因组DNA却扩增不出来 已有4人参与

PCR用cDNA能够扩增出条带，基因组DNA却扩增不出来，为什么呢?
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1楼 2015-03-05 16:27:44
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
因为基因组DNA模板比cDNA要复杂的多啊，如果采用和cDNA同样的扩增方式肯定扩增不出来啊。
比如，首先模板浓度的问题，cDNA 10ng，基因组DNA 0.1-1ug。
其次，酶，对于cDNA可能普通的Taq酶能扩增出来，但是基因组就很难说了，一般无高要求的话，普通的热启动聚合酶即能扩增出来
同时，引物设计也应更准确，还要考虑到你的模板的长度，如果大于15kb的话，扩增就使用长片段高保真聚合酶
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
2楼2015-03-05 17:16:46
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hqc87

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
若要保证用cDNA和DNA为模板都能扩出来的话，上下游引物一定都要设计在外显子，检查下你按cDNA序列设计的引物是不是在DNA里跨内含子，被内含子隔断了
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3楼2015-03-07 05:49:11
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zhongmianhua

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

基因组和cDNA的条带大小不一定一样，扩增条件因此也不可能完全一样；当然还有很多其他原因
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体会生活
4楼2015-04-15 15:17:42
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Sunshine092

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果是真核生物考虑楼上说的内含子和外显子的问题，另外有可能cDNA和基因组里模板浓度不一样，用基因组的时候尝试增加循环数。
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5楼2015-04-15 17:10:55
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