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青青草allan

银虫 (小有名气)

[求助] 做RACE老是出现非特异扩增,求助!已有3人参与

我在做RACE扩增一个基因的全长cDNA,设计的基因特异引物可以扩增出中间的重叠片段(经测序确证),但是5‘和3’RACE总是做不出来。根据已经扩增出的中间片段,设计了5‘和3’RACE引物,能扩增出条带,Maker指示的片段大小也和目的片段大小差不多,但是经切胶回收,连接转化,挑斑,送菌样测序后测回来的序列在NCBI上比对后,发现相似性较高的老是一些别的东西的序列(如某个病毒的基因组,或者是某个东西的核糖体蛋白)。也尝试换过引物,但是要么扩不出东西,要么是空载体,要么是上述那种情况。我用的是试剂盒是SMART™ RACE cDNA Amplification Kit。请有经验的高人指点,不胜感激!

[ Last edited by 西门吹雪170 on 2014-6-28 at 12:44 ]
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2014-06-28 19:50:49
你的双链做的怎么样?RNA质量好不好?特异引物设计的退火多少度?测序后能不能拼接?

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-06-28 12:07:43
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青青草allan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-06-28 12:07:43
你的双链做的怎么样?RNA质量好不好?特异引物设计的退火多少度?测序后能不能拼接?

我们实验室是统一提的RNA,做的cDNA,也有别的人在用,也有做出来别的基因的全长的,应该没有问题。避免反复冻融,我们做的5‘和3’cDNA是用小PCR分装的,一直放在-20度,现在已经放了有两个多月。我是在做5个基因的全长,特异引物设计的退火温度都不一样啊,都做出来了,有的800-1000bp的基本上测序的时候都让公司给双向测通拼接了,小于800bp的基本都是让正向测序,没有拼接过。有影响吗?谢谢回帖!
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3楼2014-06-30 09:09:15
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
青青草allan: 金币+1, 有帮助 2014-07-11 21:37:04
青青草allan: 金币+1, 有帮助 2014-07-11 21:37:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青青草allan at 2014-06-30 09:09:15
我们实验室是统一提的RNA,做的cDNA,也有别的人在用,也有做出来别的基因的全长的,应该没有问题。避免反复冻融,我们做的5‘和3’cDNA是用小PCR分装的,一直放在-20度,现在已经放了有两个多月。我是在做5个基因 ...

你们的双链cDNA做的好不好?race获得的序列能否与已知片段拼接起来?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-06-30 09:17:05
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青青草allan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-06-30 09:17:05
你们的双链cDNA做的好不好?race获得的序列能否与已知片段拼接起来?
...

cDNA应该没有问题。迄今为止只得到了一个基因的5‘端序列,和这个基因的已知片段有将近300bp的重叠,可以拼接起来的。
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5楼2014-06-30 11:02:40
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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

情况跟我好相似啊,我也是RACE做不出来,一测序就是26S核糖体序列!一样的试剂盒
6楼2014-07-06 13:13:42
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青青草allan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yoyo单眼皮 at 2014-07-06 13:13:42
情况跟我好相似啊,我也是RACE做不出来,一测序就是26S核糖体序列!一样的试剂盒

你扩出来的条带单一吗?我扩出来的条带单一,没有杂带,而且很亮,最后测序回来的结果仍然是其他东西的序列,都不知道该怎么办了。
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7楼2014-07-07 21:00:29
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


青青草allan: 金币+1, 有帮助 2014-07-11 21:38:11
引用回帖:
7楼: Originally posted by 青青草allan at 2014-07-07 21:00:29
你扩出来的条带单一吗?我扩出来的条带单一,没有杂带,而且很亮,最后测序回来的结果仍然是其他东西的序列,都不知道该怎么办了。...

脱靶啦,重新设计引物吧

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-07-07 21:43:57
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yoyo单眼皮

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 青青草allan at 2014-07-07 21:00:29
你扩出来的条带单一吗?我扩出来的条带单一,没有杂带,而且很亮,最后测序回来的结果仍然是其他东西的序列,都不知道该怎么办了。...

我也是!!!欲哭无泪!
9楼2014-07-09 15:43:53
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青青草allan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-07-07 21:43:57
脱靶啦,重新设计引物吧
...

嗯,看来只能换引物了。
爱出者爱返,福往者福来
10楼2014-07-10 13:05:54
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