应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock)
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 4426  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock) 已有3人参与

如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock),谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-03 17:03:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smileyujun

新虫 (初入文坛)
用pymol就可以啊
赞一下(1人) 回复此楼
QQ：771221313
2楼2015-03-03 17:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youkiwang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 顺便问下哪里下载 chimera 2015-03-04 14:31:06
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 请问有地址下载,推荐下 2015-03-04 14:51:37
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。
赞一下 回复此楼
奋斗吧青年
3楼2015-03-03 19:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 我要试试,谢谢! 顺便问下哪里下载? 2015-03-04 14:31:44
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 2015-03-04 14:51:59
VMD可以，用set $sel1 [atomselect .......]选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-04 11:21:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youkiwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-03 19:29:14
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
赞一下 回复此楼
奋斗吧青年
5楼2015-03-05 09:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

螺旋藻

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-05 09:03:20
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/...

谢谢! 我也看到了,就是不知到download后,好不好用.  周围没人干这行,
好像干这行的会的也不多
赞一下 回复此楼
6楼2015-03-05 09:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mutong1 at 2015-03-04 11:21:37
VMD可以，用set $sel1 选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.2/
小木虫上有些教程，不过如果只是需要分别输出两个pdb的化，只需要几条命令就够了
赞一下 回复此楼
7楼2015-03-05 13:18:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, 已经搞定了,还是感谢! 2015-03-06 16:19:24
用pymol拆分一下，简单方便
赞一下 回复此楼
8楼2015-03-05 16:56:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
autodock里，select .select from string.在Residue sets里选择ligand.add好了，我也是新手，找了好久才发现

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2017-02-19 14:53:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoqian08

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-03-05 16:56:45
用pymol拆分一下，简单方便

用pymol如何拆分？
赞一下 回复此楼
10楼2018-06-06 15:16:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 螺旋藻 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京工业大学，324分求调剂 +3 零八# 2026-03-28 3/150 2026-03-28 14:23 by JourneyLucky
[考研] 调剂求院校招收 +4 鹤鲸鸽 2026-03-28 4/200 2026-03-28 13:38 by 唐沐儿
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 311求调剂 +9 lin0039 2026-03-26 9/450 2026-03-28 13:05 by 唐沐儿
[考研] 321求调剂 +6 璞玉~~ 2026-03-25 6/300 2026-03-28 11:09 by WWM123
[考研] 086502化学工程342求调剂 +6 阿姨复古不过 2026-03-27 6/300 2026-03-28 07:06 by wangy0907
[考研] 275求调剂 +10 Micky11223 2026-03-25 13/650 2026-03-27 22:42 by Micky11223
[考研] 285求调剂 +4 AZMK 2026-03-27 7/350 2026-03-27 20:59 by AZMK
[考研] 0703化学一志愿南京师范大学303求调剂 +3 zzffylgg 2026-03-24 3/150 2026-03-27 10:42 by shangxh
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +4 举个栗子oi 2026-03-24 5/250 2026-03-26 23:15 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 0854电子信息求调剂 +7 α____ 2026-03-22 9/450 2026-03-25 13:37 by α____
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 一志愿070300浙大化学358分，求调剂！ +4 酥酥鱼.. 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:12 by Iveryant
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭