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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock)
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock) 已有3人参与

如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock),谢谢!
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1楼 2015-03-03 17:03:09
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smileyujun

新虫 (初入文坛)
用pymol就可以啊
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QQ：771221313
2楼2015-03-03 17:10:03
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youkiwang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 顺便问下哪里下载 chimera 2015-03-04 14:31:06
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 请问有地址下载,推荐下 2015-03-04 14:51:37
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。
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奋斗吧青年
3楼2015-03-03 19:29:14
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mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 我要试试,谢谢! 顺便问下哪里下载? 2015-03-04 14:31:44
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 2015-03-04 14:51:59
VMD可以，用set $sel1 [atomselect .......]选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb
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4楼2015-03-04 11:21:37
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youkiwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-03 19:29:14
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
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奋斗吧青年
5楼2015-03-05 09:03:20
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螺旋藻

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-05 09:03:20
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/...

谢谢! 我也看到了,就是不知到download后,好不好用.  周围没人干这行,
好像干这行的会的也不多
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6楼2015-03-05 09:24:15
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mutong1

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mutong1 at 2015-03-04 11:21:37
VMD可以，用set $sel1 选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.2/
小木虫上有些教程，不过如果只是需要分别输出两个pdb的化，只需要几条命令就够了
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7楼2015-03-05 13:18:01
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, 已经搞定了,还是感谢! 2015-03-06 16:19:24
用pymol拆分一下，简单方便
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8楼2015-03-05 16:56:45
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勿忘心安2017

新虫 (初入文坛)
autodock里，select .select from string.在Residue sets里选择ligand.add好了，我也是新手，找了好久才发现

发自小木虫IOS客户端
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9楼2017-02-19 14:53:17
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xiaoqian08

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-03-05 16:56:45
用pymol拆分一下，简单方便

用pymol如何拆分？
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10楼2018-06-06 15:16:34
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