应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock)
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 4436  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock) 已有3人参与

如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock),谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-03 17:03:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

螺旋藻

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-05 09:03:20
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/...

谢谢! 我也看到了,就是不知到download后,好不好用.  周围没人干这行,
好像干这行的会的也不多
赞一下 回复此楼
6楼2015-03-05 09:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

youkiwang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 顺便问下哪里下载 chimera 2015-03-04 14:31:06
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 请问有地址下载,推荐下 2015-03-04 14:51:37
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。
赞一下 回复此楼
奋斗吧青年
3楼2015-03-03 19:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 我要试试,谢谢! 顺便问下哪里下载? 2015-03-04 14:31:44
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 2015-03-04 14:51:59
VMD可以，用set $sel1 [atomselect .......]选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-04 11:21:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youkiwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-03 19:29:14
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
赞一下 回复此楼
奋斗吧青年
5楼2015-03-05 09:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 300求调剂，材料科学英一数二 +8 leaflight 2026-03-24 8/400 2026-03-29 01:31 by fmesaito
[考研] 调剂求院校招收 +5 鹤鲸鸽 2026-03-28 5/250 2026-03-29 01:10 by 我是小康
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 化学0703 调剂 306分 一志愿211 +4 26要上岸 2026-03-28 4/200 2026-03-28 15:30 by 1018329917
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +5 niko- 2026-03-27 5/250 2026-03-28 14:25 by 唐沐儿
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 322求调剂 +4 我真的很想学习 2026-03-23 4/200 2026-03-27 13:51 by 杨杨杨紫
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap－ 2026-03-22 10/500 2026-03-26 13:11 by 公瑾逍遥
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂 +6 jiajunX 2026-03-22 6/300 2026-03-25 23:05 by licg0208
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗？ +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭