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螺旋藻

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[求助] 如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock) 已有3人参与

如何拆分pdb文件中的受体与配体？(我只略会点Autodock),谢谢!

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1楼 2015-03-03 17:03:09

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smileyujun

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用pymol就可以啊

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QQ：771221313

2楼2015-03-03 17:10:03

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youkiwang

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【答案】应助回帖

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螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 顺便问下哪里下载 chimera 2015-03-04 14:31:06
螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 请问有地址下载,推荐下 2015-03-04 14:51:37

chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。

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奋斗吧青年

3楼2015-03-03 19:29:14

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mutong1

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【答案】应助回帖

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螺旋藻: 金币+2, ★有帮助, 谢谢! 2015-03-04 14:51:59

VMD可以，用set $sel1 [atomselect .......]选择需要输出的部分，然后用$sel1 writepdb sel1.pdb，重复两次可以分别得到受体和配体的pdb

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4楼2015-03-04 11:21:37

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youkiwang

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引用回帖:

3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-03 19:29:14
chimera，也非常好用，操作也很简单，File-Open，Select-Residue-选中你要删掉的配体，Actions-Atoms/Bonds-delete，其他的功能你再试试，很容易的操作，比pymol安装简单些，功能不如pymol强大。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

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奋斗吧青年

5楼2015-03-05 09:03:20

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