24小时热门版块排行榜    

查看: 4754  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 如何拆分pdb文件中的受体与配体?(我只略会点Autodock) 已有3人参与

如何拆分pdb文件中的受体与配体?(我只略会点Autodock),谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, 已经搞定了,还是感谢! 2015-03-06 16:19:24
用pymol拆分一下,简单方便
8楼2015-03-05 16:56:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

youkiwang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, 有帮助, 谢谢! 顺便问下哪里下载 chimera 2015-03-04 14:31:06
螺旋藻: 金币+2, 有帮助, 请问有地址下载,推荐下 2015-03-04 14:51:37
chimera,也非常好用,操作也很简单,File-Open,Select-Residue-选中你要删掉的配体,Actions-Atoms/Bonds-delete,其他的功能你再试试,很容易的操作,比pymol安装简单些,功能不如pymol强大。
奋斗吧青年
3楼2015-03-03 19:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+2, 有帮助, 我要试试,谢谢! 顺便问下哪里下载? 2015-03-04 14:31:44
螺旋藻: 金币+2, 有帮助, 谢谢! 2015-03-04 14:51:59
VMD可以,用set $sel1 [atomselect .......]选择需要输出的部分,然后用$sel1 writepdb sel1.pdb,重复两次可以分别得到受体和配体的pdb
4楼2015-03-04 11:21:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youkiwang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-03 19:29:14
chimera,也非常好用,操作也很简单,File-Open,Select-Residue-选中你要删掉的配体,Actions-Atoms/Bonds-delete,其他的功能你再试试,很容易的操作,比pymol安装简单些,功能不如pymol强大。

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
奋斗吧青年
5楼2015-03-05 09:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:27 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 6/300 2026-09-17 14:17 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 yaCh4X3wd045 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-17 12:05 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:52 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-17 03:16 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:04 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:02 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 7/350 2026-09-17 01:52 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组|2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-16 03:14 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:50 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 申博发邮件 +4 Lmengk 2026-09-15 4/200 2026-09-16 00:05 by 木心想继续深造
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
请填处理意见