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yuman0709

铁虫 (初入文坛)

[求助] 有关易错PCR 已有2人参与

各位大神,我对易错PCR的Mg2+、Mn2+浓度进行摸索,条件一样、体系一样,但每次的结果不一样,也不知道原因在哪?有哪位大神遇到过这种情况?知道是什么原因吗?好捉急啊!!!而且用正常条件的PCR还时不时没有条带,还有用于易错PCR的Mn2+是直接购买?还是自己配?
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一砖头飘死

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2015-01-21 21:09:19
易错PCR话,自己去摸索条件的话比较复杂,我用的是北京天恩泽的易错PCR试剂盒,效果挺好的,可以试试!
2楼2015-01-20 10:07:53
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-27 11:36:55
引用回帖:
5楼: Originally posted by 水-水 at 2015-03-25 21:38:49
能稳定的扩出来,但每次酶切连接的效率都非常低,几乎没有正确转化子,也是Taq酶的问题吗?...

已经两个月了,呵呵,你不是说PCR时有时无吗,我觉得是聚合酶的问题呀,我们使用的buffer都是本身含有镁离子的,省去了自己对镁离子浓度的优化,扩增较为方面,你现在的没有正确的转化子和酶没有关系,呵呵
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
6楼2015-03-26 08:51:12
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普通回帖

18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2015-01-21 21:09:26
如果对镁离子和锰离子的浓度进行摸索,扩增还是有问题,说明这两者是正常的,应该从其他方面考虑原因。
时不时的还没有条带的话,可以考虑一下酶的原因,不知道用的是什么酶呢?易错PCR的话,尽量采用有较低保真度的酶(如热启动Taq酶或者是性能较高的普通Taq酶http://www.detaibio.com/relia-hotstart-polymerase.html),不建议使用普通的Taq酶,不一定能扩增出来,且非特异性产物极易产生。
除了对酶、锰离子进行摸索之外,还要改变dNTP的浓度,不能使用KOD Pfu等类似的高保真酶,至于锰离子我认为还是用买的。
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
3楼2015-01-20 10:10:23
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2015-01-21 21:09:34
如果对镁离子和锰离子的浓度进行摸索,扩增还是有问题,说明这两者是正常的,应该从其他方面考虑原因。
时不时的还没有条带的话,可以考虑一下酶的原因,不知道用的是什么酶呢?易错PCR的话,尽量采用有较低保真度的酶(如热启动Taq酶或者是性能较高的普通Taq酶http://www.detaibio.com/relia-hotstart-polymerase.html),不建议使用普通的Taq酶,不一定能扩增出来,且非特异性产物极易产生。
除了对酶、锰离子进行摸索之外,还要改变dNTP的浓度,不能使用KOD Pfu等类似的高保真酶,至于锰离子我认为还是用买的。
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
4楼2015-01-21 16:58:09
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水-水

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-01-20 10:10:23
如果对镁离子和锰离子的浓度进行摸索,扩增还是有问题,说明这两者是正常的,应该从其他方面考虑原因。
时不时的还没有条带的话,可以考虑一下酶的原因,不知道用的是什么酶呢?易错PCR的话,尽量采用有较低保真度 ...

能稳定的扩出来,但每次酶切连接的效率都非常低,几乎没有正确转化子,也是Taq酶的问题吗?
5楼2015-03-25 21:38:49
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yuman0709

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-26 08:51:12
已经两个月了,呵呵,你不是说PCR时有时无吗,我觉得是聚合酶的问题呀,我们使用的buffer都是本身含有镁离子的,省去了自己对镁离子浓度的优化,扩增较为方面,你现在的没有正确的转化子和酶没有关系,呵呵...

没有正确的转化子怎搞???
7楼2015-03-26 15:43:56
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水-水

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-26 08:51:12
已经两个月了,呵呵,你不是说PCR时有时无吗,我觉得是聚合酶的问题呀,我们使用的buffer都是本身含有镁离子的,省去了自己对镁离子浓度的优化,扩增较为方面,你现在的没有正确的转化子和酶没有关系,呵呵...

没有关系吗?这次我连T载体挑取十个菌落,就对了两个!说明扩出来的片段特异性不高。
退一步研究,片段没问题的话,低浓度的DNA量加NEB的酶过夜切,也能切开呀,为啥正确的转化子还是很少,或者几乎没有了!
8楼2015-03-27 20:21:19
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seraphlx

新虫 (初入文坛)

你好,我想问我在做易错PCR时,加入Mn2+,0.08mM,扩增的结果是有沉淀析出,请问你遇到过么,知道是为什么么?谢啦
9楼2015-10-08 20:02:05
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yuman0709

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by seraphlx at 2015-10-08 20:02:05
你好,我想问我在做易错PCR时,加入Mn2+,0.08mM,扩增的结果是有沉淀析出,请问你遇到过么,知道是为什么么?谢啦

我没有遇到这个问题,怎么会有沉淀析出呢?好奇怪啊,你现在做的顺利吗?容不容易得到阳性克隆?
10楼2015-12-29 11:27:11
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