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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助关于autodock柔性对接方法！
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于autodock柔性对接方法！ 已有2人参与

如题，新手才用autodock没多久，刚性对接大概会了，但是柔性对接不知道怎么弄。。。
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1楼 2014-12-10 12:59:51
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qiyenaihe(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-11 08:53:45
我的做法是，通过刚性对接找到活性的口袋，然后将口袋pocket内有interaction 的残基定义成柔性保存，剩下的就是刚性结构。

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qiyenaihe
2楼2014-12-11 06:30:12
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼上正解！柔性残基可以是活性位点处重要的残基，比如说形成氢键的
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3楼2014-12-15 20:22:18
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-12-11 06:30:12
我的做法是，通过刚性对接找到活性的口袋，然后将口袋pocket内有interaction 的残基定义成柔性保存，剩下的就是刚性结构。

你好，具体操作步骤能不能发我一下呢？
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4楼2014-12-15 22:33:54
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by qiyenaihe at 2014-12-15 22:33:54
你好，具体操作步骤能不能发我一下呢？...

你把文件发给我，我做好了，再发给你

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5楼2014-12-16 05:48:38
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-12-16 05:48:38
你把文件发给我，我做好了，再发给你
...

那就麻烦您啦！
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6楼2014-12-16 10:14:55
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