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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于autodock柔性对接方法! 已有2人参与

如题,新手才用autodock没多久,刚性对接大概会了,但是柔性对接不知道怎么弄。。。
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
qiyenaihe(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-11 08:53:45
我的做法是,通过刚性对接找到活性的口袋,然后将口袋pocket内有interaction 的残基定义成柔性保存,剩下的就是刚性结构。

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2楼2014-12-11 06:30:12
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

楼上正解!柔性残基可以是活性位点处重要的残基,比如说形成氢键的
3楼2014-12-15 20:22:18
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-12-11 06:30:12
我的做法是,通过刚性对接找到活性的口袋,然后将口袋pocket内有interaction 的残基定义成柔性保存,剩下的就是刚性结构。

你好,具体操作步骤能不能发我一下呢?
4楼2014-12-15 22:33:54
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by qiyenaihe at 2014-12-15 22:33:54
你好,具体操作步骤能不能发我一下呢?...

你把文件发给我,我做好了,再发给你

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-12-16 05:48:38
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qiyenaihe

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-12-16 05:48:38
你把文件发给我,我做好了,再发给你
...

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6楼2014-12-16 10:14:55
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