版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

zhuxinzhe

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1318.6
散金: 30
红花: 1
帖子: 230
在线: 298.9小时
虫号: 3066090
注册: 2014-03-18
专业: 环境污染化学

[交流] gromacs 中rdf问题

我的盒子里有12个相同的分子和其他的小分子，我想算这12个分子间的几何中心距离（center of geometry,COG）的RDF，但得出的曲线为什么不是连续的呢？我输入的命令是g_rdf -f .trr -s .tpr -n.ndx -rdf res_cog -o .xvg，我不知道-rdf res_cog是不是表示几何中心，求大神指教啊

gromacs 中rdf问题

Screenshot from 2014-12-04 19^%10^%41.png

» 猜你喜欢

有没有人能给点建议已经有3人回复
假如你的研究生提出不合理要求已经有12人回复
实验室接单子已经有7人回复
全日制（定向）博士已经有5人回复
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？已经有4人回复
Materials Today Chemistry审稿周期已经有4人回复
参与限项已经有3人回复
对氯苯硼酸纯化已经有3人回复
所感已经有4人回复
要不要辞职读博？已经有7人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

关于MS和GROMACS文件转换的问题已经有8人回复
关于gromacs残基不识别的问题已经有17人回复
gromacs中加入离子的个数计算问题已经有5人回复
Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？已经有7人回复
请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题已经有5人回复
粗粒化模型问题已经有5人回复
gromacs运行问题已经有9人回复
Gromacs能量最小化问题已经有5人回复
关于gromacs续跑连接文件的问题已经有5人回复
gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题已经有10人回复
请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题已经有4人回复
gromacs 模拟出现周期性问题已经有6人回复
gromacs4.5.5安装问题已经有5人回复
Gromacs粗粒化力场（自己写）已经有11人回复
gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗已经有4人回复
gromacs自己添加residue遇到的问题已经有6人回复
gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题已经有4人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】gromacs的又一个问题已经有22人回复
【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复
【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了已经有14人回复
【讨论】系综问题已经有32人回复
【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题已经有10人回复
【求助】VMD中如何画分子已经有7人回复
【求助】structure factor S(q)的问题已经有5人回复

1楼 2014-12-05 14:30:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

应助: 56 (初中生)
金币: 5597.4
红花: 5
帖子: 614
在线: 218.7小时
虫号: 2406187
注册: 2013-04-07
专业: 化学工程及工业化学

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhuxinzhe: 金币+10 2014-12-05 20:42:03

直接查看g_rdf -help就知道了

[ 发自小木虫客户端 ]

只做不说，明知没地位，坚信有机会

2楼2014-12-05 15:30:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 zhuxinzhe 的主题更新