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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序回来后可以找到上游引物与下游引物，但是blast结果却不是我的东西。求解~~~~~~~~~
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三千繁华若土

木虫 (初入文坛)

[求助] 测序回来后可以找到上游引物与下游引物，但是blast结果却不是我的东西。求解~~~~~~~~~已有1人参与

测序回来后可以在序列中找到所连接质粒的上下游，也可以找到我设计的引物的上游与下游，但是blast结果却不是我的东西，这是怎么一回事呢？

我本以为是我设计的引物不够特异，于是我把我设计的引物的上下游拿去Blast，出来的结果中只有一个拉了横线（见图），而且，拉横线的这个的的确确就是当初设计引物时所用的基因序列。
随便说一句，我当时设计时用的是同源比对，比对的百脉根的，因为当时blast出来，就没有我所研究的这个植物的，就只有百脉根的。

测序回来后可以找到上游引物与下游引物，但是blast结果却不是我的东西。求解~~~~~~~~~
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1楼2014-12-03 22:35:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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三千繁华若土(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-04 19:56:36
三千繁华若土: 金币+4 2014-12-06 21:41:19
同源克隆还是设计简并引物括吧，适合百脉根的未必就适合你的物种。
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2楼2014-12-04 00:37:25
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三千繁华若土

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-04 00:37:25
同源克隆还是设计简并引物括吧，适合百脉根的未必就适合你的物种。

但我设计的引物的的确确跑出东西来了，我把跑出来的东西放进ncbi里比对，出来的居然是我的植物的相关东西，不是百脉根的。这是怎么一回事呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-12-04 10:22:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 三千繁华若土 at 2014-12-04 10:22:54
但我设计的引物的的确确跑出东西来了，我把跑出来的东西放进ncbi里比对，出来的居然是我的植物的相关东西，不是百脉根的。这是怎么一回事呢？
...

你用你的植物基因组做模板，扩出的肯定是你植物的序列。还是引物的问题，非特异扩增。
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4楼2014-12-04 12:46:31
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