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shenyudong

金虫 (正式写手)

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[求助] 请教：86个碱基DNA结构如何优化？(溶剂为水) 已有2人参与

请问对如下分子进行结构优化(溶剂为水)？，采用什么方法？是否可以用Gaussian09软件包优化？如果可以优化，选什么方法，什么机组？如何设置计算参数？请各位大哥帮忙，谢谢啦！分子式如下： C831H1049N327O514P86(86个碱基构成的DNA链)

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1楼 2014-09-28 13:20:36

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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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zhou2009: 金币+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金币+5, ★有帮助, Gaussian里面也有Amber分子立场，不知是否可以用？如何用？我试了一下，老提示缺乏原子类型参数，请指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金币+7, ★有帮助, 兄弟，能否给将详细点？是用Amber程序包进行么？如何设置参数？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57

别说高斯了，连专做半经验的MOPAC2012优化这么大的体系都极困难。
最好的做法就是用分子力场优化，比如常用的amber力场，结合GB模型，足够给出合理的结构。