| 查看: 6666 | 回复: 13 | ||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||
wxyabc27铜虫 (小有名气)
|
[求助]
求教关于DNA形成发夹型结构及二聚体结构问题 已有3人参与
|
|||
|
本人电分析化学小硕一名，实在很low，又由于所在实验室只有我孤军奋战这个方向，无从询问啊。在此，想问大伙关于DNA探针一个问题，是审稿意见，如下： How to make sure the probes (H1-H4) added to the detection system all maintain a hairpin-like conformation. Is there no self-dimer present in? Please give a solid evident to clarify this concern. 我要怎么证明是发夹型结构啊，实验时是按照文献，先加热至95度在缓慢将至室温进行实验的。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学技术 |
» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有128人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Marker条带问题及引物二聚体
已经有13人回复
- 如何避免引物二聚体
已经有10人回复
- 如何减少引物二聚体
已经有21人回复
- PCR引物二聚体问题
已经有12人回复
- 请帮帮忙，什么软件能知道一个单链DNA，是以二聚体存在还是以发卡结构存在啊？？
已经有14人回复
- 如何充分形成发卡结构
已经有9人回复
- DNA怎样形成发夹结构
已经有18人回复
- realtimePCR引物
已经有11人回复
- 【求助/交流】pCR引物设计的详细规则
已经有7人回复
- 【求助/交流】基因克隆设计引物
已经有7人回复
- DNA发夹式结构的打开
已经有4人回复
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10375.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+15, MolEPI+1, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-05-12 08:16:46
silicare: 金币+15, MolEPI+1, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-05-12 08:16:46
|
你这个被提的问题很好，解决起来可能有点麻烦。 比如说你的probe是5‘-AAAAAAAAAANNNNNNNTTTTTTTTTT-3’ 可能你要的是退火之后形成hairpin 5‘-AAAAAAAAAANNN N 3-TTTTTTTTTTNNN 但是，事与愿违，可能会形成： 5’-AAAAAAAAAANNNNNNNTTTTTTTTTT-3‘ 3’-TTTTTTTTTTNNNNNNNAAAAAAAAAA-5‘ 现在的问题是，一个从高温变性到降温退火程序，并不能区分这两个过程，所以人家问的问题很到位。 我中间写得N有点误导，这几个N可能不太能配对。 现在可能需要你自己仔细分析你的probe序列。 在这两个结构中寻找区别。 楼上有人说走agarose，或者native-PAGE，都有可能是办法，但是都不是solid evidence！！ 比如你走了胶，发现你的probe有一条带或者两条带，那你怎么能说这个带，或者两条带中的主带就是hairpin？因为含有loop结构的DNA在native状态下电泳行为是异常的，有时候是由loop的快，比如质粒，有时候又是有loop的慢，这一点在splicing intermediate中间体现得最经典。这还取决于你probe的长度，你需要的不仅仅是DNA size marker。 这个要怎么办？？？ 我现在唯一能想到的办法，就是在Tm值上找差异。把你的体系一模一样来一个，你退火好之后。 之后，加点SYBR Green，然后塞到realtime PCR仪里面，只做溶解曲线，你需要把溶解曲线的精度设置小一点，你这两个结构的Tm值肯定差距很大，可以用一些软件计算一下，从溶解曲线上体现的Tm值，你可以肯定说是哪种结构。这个很简单。 |
9楼2014-05-07 12:54:02
3楼2014-05-04 12:07:59
wxyabc27
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 802.2
- 散金: 13
- 帖子: 147
- 在线: 31.2小时
- 虫号: 1383486
- 注册: 2011-08-29
- 性别: MM
- 专业: 环境分析化学
4楼2014-05-04 15:17:39
5楼2014-05-04 15:34:36
wxyabc27
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 802.2
- 散金: 13
- 帖子: 147
- 在线: 31.2小时
- 虫号: 1383486
- 注册: 2011-08-29
- 性别: MM
- 专业: 环境分析化学
6楼2014-05-04 21:33:06
|
， [ 发自小木虫客户端 ] |
2楼2014-05-04 11:31:58
7楼2014-05-05 00:30:27
8楼2014-05-06 22:06:05
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10375.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
10楼2014-05-07 13:04:53