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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DNA怎样形成发夹结构
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chenwu9987

银虫 (小有名气)

[交流] DNA怎样形成发夹结构

最近买了一条DNA链，5’-TexasRed-Sample TextCGATGCGGAAAGAAGGSample Text-3’
想问一下，DNA链本身在水溶液中会自发形成发夹结构吗？会不会形成二聚体呢
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1楼 2012-07-05 15:29:23
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gelois

金虫 (正式写手)
★ ★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-06 13:49:51
一般储存情况下是不会形成发卡结构的，只有在PCR过程中，退火的时候，如果自身有发卡结构的话会比较容易形成。所以在PCR的时候要注意退火温度。
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5楼2012-07-05 16:09:36
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普通回帖

chenwu9987

银虫 (小有名气)
写错了，DNA链中红色字体应分别为TTTTTT           AAAAAA
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2楼2012-07-05 15:30:37
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zhyzx

金虫 (小有名气)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
高温退火就行
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3楼2012-07-05 15:45:40
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chenwu9987

银虫 (小有名气)
不退火是不是就无法形成啊
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4楼2012-07-05 15:57:53
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黄小剑

木虫 (正式写手)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
当然会了，T和A是配对的，可以自身配对形成发夹结构，也可以和另一条DNA配对
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6楼2012-07-05 16:10:25
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君子婷

银虫 (小有名气)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
会的。提高退火温度，不然跑胶的时候会看到引物二聚体。
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7楼2012-07-05 20:52:13
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chenwu9987

银虫 (小有名气)
发夹结构是不是只有在PBS缓冲液中形成啊在水中无法形成，怎样判断是否形成发夹结构了呢
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8楼2012-07-06 09:33:55
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
有，作模拟的吗？用模拟时，如何将单链弄成发卡结构
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9楼2012-07-06 10:42:33
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bbwalkman

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验 2012-07-06 13:50:09
1.其实这就有点类似于分子信标的结构了呢，分子信标要形成这种茎环结构，还是要有一定的盐离子浓度的，Na+，K+等等，在水中也有可能会有一部分形成茎环结构的。
2.有没有二聚体或者发卡结构可以去idt的网站上测试一下，看看dimer和Tm值什么的。
3.不知道你定的这条链要干什么，如果是想要形成发卡结构的话，那就用之前高温加热一下，然后缓慢降到室温，这样可以减少两条链之间的杂交。
4.如果不想要的话，那可能据需要根据你的实验，选择一个合适的反应温度，不过用之前加热一下可能会比较好。

祝好运
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10楼2012-07-06 10:53:06
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chenwu9987

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by bbwalkman at 2012-07-06 10:53:06
1.其实这就有点类似于分子信标的结构了呢，分子信标要形成这种茎环结构，还是要有一定的盐离子浓度的，Na+，K+等等，在水中也有可能会有一部分形成茎环结构的。
2.有没有二聚体或者发卡结构可以去idt的网站上测试一 ...

我想要这条链自身在溶液中形成发夹结构，之后再加入一条和这条链中间黑色碱基配对的DNA，杂交，是发夹结构解开，释放出碱基5’端的TTTTTT。  因为DNA杂交一般都是先升温在降温，所以我以为同样的方法处理上述DNA链的话会不会更多的形成二聚体呢
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11楼2012-07-06 11:01:53
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蝈蝈1988

木虫 (小有名气)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
貌似可以。。你尝试的结果是？？？
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12楼2012-07-06 11:28:11
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healy13

禁虫 (小有名气)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
13楼2012-07-06 12:18:33
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
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14楼2012-07-06 14:18:33
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bbwalkman

木虫 (小有名气)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-07 13:38:33
引用回帖:
11楼: Originally posted by chenwu9987 at 2012-07-06 11:01:53
我想要这条链自身在溶液中形成发夹结构，之后再加入一条和这条链中间黑色碱基配对的DNA，杂交，是发夹结构解开，释放出碱基5’端的TTTTTT。  因为DNA杂交一般都是先升温在降温，所以我以为同样的方法处理上述DNA链 ...

那这就和分子信标的原理一样了，你可以看看关于分子信标的相关文献，谭蔚泓做的好像还是比较地道的，那你如果怕链和链之间有杂交的话，那就先高温加热几分钟，一般是95℃就可以了，然后缓慢降到室温待一阵，再加入你的Target，这样做还是比较好的，如果条件允许的话（可以适当加一部分你的酶反应Buffer，如果没有就算了），有一定的盐离子浓度还是有助于闭环的。
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15楼2012-07-06 17:38:47
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neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
应该差不多
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16楼2012-07-07 09:46:50
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陈莹

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-07-06 14:18:33
打断一下，高温之后是不是应该快速降温呀？...

我也想这样问一下，我处理的也是缓慢降低到室温，可文献中都是1h内降到室温的，速度挺快，让我有颇多不解。
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17楼2014-08-11 10:54:12
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wangliually

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by gelois at 2012-07-05 16:09:36
一般储存情况下是不会形成发卡结构的，只有在PCR过程中，退火的时候，如果自身有发卡结构的话会比较容易形成。所以在PCR的时候要注意退火温度。

根据IDT计算出退火温度，在降温的时候在退火温度+-5度范围内作梯度停留了一段时间，结果都一样，都有引物二聚体呀……
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18楼2015-07-12 17:13:15
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咸鱼啊

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by 陈莹 at 2014-08-11 10:54:12
我也想这样问一下，我处理的也是缓慢降低到室温，可文献中都是1h内降到室温的，速度挺快，让我有颇多不解。...

想问一下这个缓慢降温是个要怎么降呀 感觉pcr里面降温挺快的
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19楼2018-07-20 10:30:52
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