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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DNA怎样形成发夹结构
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chenwu9987

银虫 (小有名气)

[交流] DNA怎样形成发夹结构

最近买了一条DNA链，5’-TexasRed-Sample TextCGATGCGGAAAGAAGGSample Text-3’
想问一下，DNA链本身在水溶液中会自发形成发夹结构吗？会不会形成二聚体呢
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1楼 2012-07-05 15:29:23
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bbwalkman

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验 2012-07-06 13:50:09
1.其实这就有点类似于分子信标的结构了呢，分子信标要形成这种茎环结构，还是要有一定的盐离子浓度的，Na+，K+等等，在水中也有可能会有一部分形成茎环结构的。
2.有没有二聚体或者发卡结构可以去idt的网站上测试一下，看看dimer和Tm值什么的。
3.不知道你定的这条链要干什么，如果是想要形成发卡结构的话，那就用之前高温加热一下，然后缓慢降到室温，这样可以减少两条链之间的杂交。
4.如果不想要的话，那可能据需要根据你的实验，选择一个合适的反应温度，不过用之前加热一下可能会比较好。

祝好运
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10楼2012-07-06 10:53:06
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chenwu9987

银虫 (小有名气)
写错了，DNA链中红色字体应分别为TTTTTT           AAAAAA
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2楼2012-07-05 15:30:37
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chenwu9987

银虫 (小有名气)
不退火是不是就无法形成啊
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4楼2012-07-05 15:57:53
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gelois

金虫 (正式写手)
★ ★
chenwu9987(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-06 13:49:51
一般储存情况下是不会形成发卡结构的，只有在PCR过程中，退火的时候，如果自身有发卡结构的话会比较容易形成。所以在PCR的时候要注意退火温度。
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5楼2012-07-05 16:09:36
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