| 查看: 842 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
shenyudong金虫 (正式写手)
|
[求助]
请教：86个碱基DNA结构如何优化？(溶剂为水) 已有2人参与
|
|
| 请问对如下分子进行结构优化(溶剂为水)？，采用什么方法？是否可以用Gaussian09软件包优化？如果可以优化，选什么方法，什么机组？如何设置计算参数？请各位大哥帮忙，谢谢啦！分子式如下： C831H1049N327O514P86(86个碱基构成的DNA链) |
回复此楼» 猜你喜欢
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有10人回复
-
PbS量子点如何确定浓度
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有223人回复
-
大湾区大学刘天辉课题组招收2026级博士生（与中山大学物理学院联合培养）
已经有22人回复
-
PbS量子点紫外吸收
已经有0人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
比利时鲁汶大学与国家留学基金委共同资助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已经有0人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
伦敦大学学院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光谱、催化相关26年博士生
已经有11人回复
-
中国科学院成都山地灾害与环境研究所2026年特别研究助理（博士后）招聘启事
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教测序结果!出现碱基突变和缺失了
已经有12人回复
- 单链DNA含有36个碱基，在使用的时候是不是必须要90度高温舒展一下结构
已经有27人回复
- 求教关于DNA形成发夹型结构及二聚体结构问题
已经有13人回复
- 怎么计算含有特定碱基序列的基因的含量
已经有4人回复
- DNA、RNA 聚合酶是如何识别配对碱基的
已经有3人回复
- 一个基因做TA克隆后送去测序，不同的单克隆后来结果不一致，1500bp里有的11个碱基不同
已经有9人回复
- 关于DNA碱基配对反应的条件
已经有5人回复
- 获得一段碱基序列，应该是个未知基因，如何确定起始密码子和终止密码子
已经有3人回复
- 如何通过设计引物，插入三个新的DNA碱基
已经有4人回复
- 20碱基的DNA跑胶得多久？
已经有5人回复
- 如何查找一个蛋白DNA结合域的基因序列？
已经有4人回复
- 单个碱基突变的PCR条件如何优化
已经有11人回复
- DNA怎样形成发夹结构
已经有18人回复
- 如何P一个全长基因？
已经有13人回复
- 关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题
已经有4人回复
- 有什么方法能敲除一个基因中间的几个碱基，再克隆到载体上
已经有6人回复
- 测序后的DNA序列与预测的有几个碱基不同，怎么办
已经有18人回复
- 请问DNA（20碱基对）用什么基质测MALDITOF MS？
已经有5人回复
- 科学家在DNA去甲基化机制研究中发现新的修饰碱基
已经有9人回复
- 近期DNA碱基增加至6种
已经有11人回复
- 求助全基因合成
已经有17人回复
- DNA含氮碱基进入细胞核的方式
已经有3人回复
- 【求助/交流】HRM技术的几个问题
已经有23人回复
- 【求助/交流】扩一个基因cDNA序列,如何处理碱基突变问题?
已经有6人回复
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.2小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-09-29 12:31:11
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金币+5, ★有帮助, Gaussian里面也有Amber分子立场，不知是否可以用？如何用？我试了一下，老提示缺乏原子类型参数，请指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金币+7, ★有帮助, 兄弟，能否给将详细点？是用Amber程序包进行么？如何设置参数？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金币+5, ★有帮助, Gaussian里面也有Amber分子立场，不知是否可以用？如何用？我试了一下，老提示缺乏原子类型参数，请指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金币+7, ★有帮助, 兄弟，能否给将详细点？是用Amber程序包进行么？如何设置参数？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
|
别说高斯了，连专做半经验的MOPAC2012优化这么大的体系都极困难。 最好的做法就是用分子力场优化，比如常用的amber力场，结合GB模型，足够给出合理的结构。 |
2楼2014-09-28 23:18:52
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.2小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-09-29 06:43:39
shenyudong
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 256.6
- 红花: 2
- 帖子: 814
- 在线: 56.2小时
- 虫号: 130633
- 注册: 2005-12-11
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
4楼2014-09-29 11:10:07