| 查看: 871 | 回复: 4 | |||
shenyudong金虫 (正式写手)
|
[求助]
请教：86个碱基DNA结构如何优化？(溶剂为水) 已有2人参与
|
| 请问对如下分子进行结构优化(溶剂为水)？，采用什么方法？是否可以用Gaussian09软件包优化？如果可以优化，选什么方法，什么机组？如何设置计算参数？请各位大哥帮忙，谢谢啦！分子式如下： C831H1049N327O514P86(86个碱基构成的DNA链) |
回复此楼» 猜你喜欢
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书
已经有9人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有297人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先
已经有17人回复
-
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应
已经有1人回复
-
070300总分298求调剂
已经有2人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有8人回复
-
理论与计算化学方向调剂——初试388分（数学144）
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教测序结果!出现碱基突变和缺失了
已经有12人回复
- 单链DNA含有36个碱基，在使用的时候是不是必须要90度高温舒展一下结构
已经有27人回复
- 求教关于DNA形成发夹型结构及二聚体结构问题
已经有13人回复
- 怎么计算含有特定碱基序列的基因的含量
已经有4人回复
- DNA、RNA 聚合酶是如何识别配对碱基的
已经有3人回复
- 一个基因做TA克隆后送去测序，不同的单克隆后来结果不一致，1500bp里有的11个碱基不同
已经有9人回复
- 关于DNA碱基配对反应的条件
已经有5人回复
- 获得一段碱基序列，应该是个未知基因，如何确定起始密码子和终止密码子
已经有3人回复
- 如何通过设计引物，插入三个新的DNA碱基
已经有4人回复
- 20碱基的DNA跑胶得多久？
已经有5人回复
- 如何查找一个蛋白DNA结合域的基因序列？
已经有4人回复
- 单个碱基突变的PCR条件如何优化
已经有11人回复
- DNA怎样形成发夹结构
已经有18人回复
- 如何P一个全长基因？
已经有13人回复
- 关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题
已经有4人回复
- 有什么方法能敲除一个基因中间的几个碱基，再克隆到载体上
已经有6人回复
- 测序后的DNA序列与预测的有几个碱基不同，怎么办
已经有18人回复
- 请问DNA（20碱基对）用什么基质测MALDITOF MS？
已经有5人回复
- 科学家在DNA去甲基化机制研究中发现新的修饰碱基
已经有9人回复
- 近期DNA碱基增加至6种
已经有11人回复
- 求助全基因合成
已经有17人回复
- DNA含氮碱基进入细胞核的方式
已经有3人回复
- 【求助/交流】HRM技术的几个问题
已经有23人回复
- 【求助/交流】扩一个基因cDNA序列,如何处理碱基突变问题?
已经有6人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金币+5, ★有帮助, Gaussian里面也有Amber分子立场，不知是否可以用？如何用？我试了一下，老提示缺乏原子类型参数，请指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金币+7, ★有帮助, 兄弟，能否给将详细点？是用Amber程序包进行么？如何设置参数？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金币+5, ★有帮助, Gaussian里面也有Amber分子立场，不知是否可以用？如何用？我试了一下，老提示缺乏原子类型参数，请指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金币+7, ★有帮助, 兄弟，能否给将详细点？是用Amber程序包进行么？如何设置参数？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
|
别说高斯了，连专做半经验的MOPAC2012优化这么大的体系都极困难。 最好的做法就是用分子力场优化，比如常用的amber力场，结合GB模型，足够给出合理的结构。 |
2楼2014-09-28 23:18:52
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.2小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-09-29 06:43:39
shenyudong
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 256.6
- 红花: 2
- 帖子: 814
- 在线: 56.2小时
- 虫号: 130633
- 注册: 2005-12-11
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
4楼2014-09-29 11:10:07
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.2小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-09-29 12:31:11
