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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 模拟盒子里面水分子数目问题？？
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peerlesszjh

新虫 (小有名气)

[求助] 模拟盒子里面水分子数目问题？？ 已有2人参与

我想问一下　一个　５０埃的盒子里面放多少水分子才计算合理啊我算了下用实际的密度只放的了４个水分子啊。。但是我看文献咋里边儿他们都有几千个啊　文献里面都是怎么确定密度和水分子数目的啊　？？
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1楼 2014-09-19 17:01:37
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
构建无定型盒子的时候可以改变放入盒子内水分子个数来调节密度已达到理想的密度
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2楼2014-09-19 17:16:12
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fubest

铁杆木虫 (正式写手)
MS中用AC建模啊，可以根据自己的需要调节
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3楼2014-09-19 22:08:47
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)
我也想知道文献里面都是怎么确定密度和水分子数目的啊　？？
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4楼2014-09-22 08:38:59
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
MS里的Amorphous Cell模块里的calculation在构建水盒子的时候有一个地方是要填密度的（density），它的单位是g/cc，水的密度是1g/cc，如果你想要构建一个2000个水的盒子，设置好密度，它自己会构建出来，盒子边长应该没有超过50埃。另，如果你无法知道溶液的密度，可以先设一个大致的密度，然后NPT跑一下动力学就知道准确的密度了
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5楼2014-09-22 08:59:32
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我可以确定楼主算错了，重新算一下吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
6楼2014-09-24 18:55:05
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