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仁者不以盛衰改节，义者不以生死易心

1楼2014-03-28 21:33:38

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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zhou2009: 2014-03-29 05:38:30
zhou2009: 2014-03-29 07:05:06
zhou2009: 2014-03-29 15:28:41
nima0332(zhou2009代发): 金币+8 2014-03-29 15:30:47

不敢称专家，受邀请说点自己的想法。

首先你的问题的本质是通过实验现象得出了一些A-Ca(2+)-B离子键桥(Ion bridge)作用的假说(hypothesis)，然后想用计算进行验证。其实这里面包含多个问题，第一，该假说是否正确？即三者是否有这样的ion bridge作用。一般计算验证者很少质疑实验的推论，而只是根据实验推论进行搭构型进行计算，因为实验是我们研究的基础。因此在给出结论时要记住这一点。第二，如果假说是正确的，那么实际的作用构形是怎样的的？有几种可能？三者在何位点相互作用？三者比例多大？

这些都不知道。因此本质上这个问题属于构形搜索，而且不涉及化学变化。构形搜索一般有两种方法，一是根据化学直觉和已知的实验证据自己搭构型，当然，这要求尽可能穷举出所有最可能的构形进行计算。楼主显然属于这种情况，而且陷在穷举构型的泥沼里不知道如何突围。而且这种穷举法还有个弊端，即只能比较已经举出的构型进行比较研究，并不能确认不存在其它可能，或者肯定就是这些构型。因此，这种方法只适用于简单体系，而不适用于复杂体系。复杂体系的构型搜索一般要用分子动力学或者蒙特卡洛模拟方法，按照真实体系的比例搭好盒子，然后进行采样，多数情况下还需要加速采样技术，然后从结果中看看哪种构型的概率最大，意味着最可能的构型，通常还能找到一些意想不到的可能构型，它们的势能稍高一些，实际存在的时间稍短一些，但也是可能的。

我不知道楼主的项目是什么性质的。如果是你的博士论文，那么毫无疑问你得去搞分子动力学的作用机理搜索。如果你只是一个硕士论文，或者短期项目，我不建议另起炉炤，中途换炮。因为这个问题的复杂性，使得它不适合作为一个硕士论文的题目。你可以继续量子化学计算，把目标定义在构型预研究(Preliminary study)。尽最大努力例举出A-Ca(2+), Ca(2+)-B的可能作用构形，分别计算作用能，得出最大可能性。然后在此基础上给出A-Ca(2+)-B的最可能作用构型，并给出作用能大小的数量级估算。这样的话，纯粹是验证ion-bridge作用机理，但是为进一步的作用机理搜索提供一个基础。

所以，我的建议是：
(1) 研究A-Ca(2+)作用，提出1~2个Ca2+与A作用的可能构型，并比较作用能大小。
(2) 研究Ca(2+)-B蒙脱石作用。建议搭建一个更小的蒙脱石cluster即可，重点是表现出Ca2+与蒙脱石作用位点的化学环境，以及化学作用本质。比如，Al-Mg替代效应，离子-氢键作用，还是离子-离子作用等。我想在蒙脱石表面寻找几个可能的离子作用位点还是不难的。
(3) 最后把最可能的集中A-Ca(2+)和Ca(2+)-B连起来，优化一下构型，算一下结合能。
当然，所有的计算最好使用隐式溶剂模型PCM。在剩余的可能氢键位点上加显式的水分子。加水分子可能对稳定分子团簇有贡献。当然，你也可以比较加水与不加水分子到底有什么差别。

关于多重度，既然你的体系中没有自由基，中间体之类的含未成对电子的化学种类，因此，全部为1。电荷呢，看有没有离子。该多大就设为多大。

关于你所说的预期的结果是否存在的问题，正如我上面说的，你的题目应该是对“黄曲霉素、钙离子、蒙脱石之间离子键桥作用假说的预研究计算验证”。你的结果将提出最可能的离子键桥作用构型，和估算的作用能。但该假说是否正确，超出简单量子化学计算所能回答的问题范围。

PS:你的黄曲霉素的构型有误。注意右下角的氧-甲基。这里有正确构型：http://en.wikipedia.org/wiki/Aflatoxin_B1

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nima0332

4楼2014-03-29 00:57:38

qchem

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这个吸附有选择性吗？
只知道蒙脱石治拉肚子效果很好

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5楼2014-03-29 07:45:16

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+8 2014-03-29 15:32:13
nima0332: 金币+19, ★★★★★最佳答案, 渐渐有了一点入门的感觉！谢谢您！ 2014-04-01 10:45:27

楼主一个短消息把我喊来了发现楼上专家说的好极了我补充几句吧
第一你明显是把所谓的蒙脱石作为一个cluster来处理了问题是你需要对边界进行饱和吗？如果需要，用什么原子饱和？如果不需要，有什么理由不需要？你切出来的这个蒙脱石cluster是按照哪个晶面切出来的？还是自己随便切割出来的？
抱歉我不做cluster，我只能问这个问题供楼主思考。
第二你的黄曲霉素结构的初始结构简直是太差了。在这个结构中我举几个例子，看3a,6a-dihydrofuro[2,3-b]furan这个残基结构吧，两颗中心C居然能让它呈平面结构，这简直是不可原谅的错误。另一个例子，你的甲氧基直接画错了！
可以相信数据库里的分子拓扑结构但是绝不能把拓扑结构直接拿来计算。自己去搭建模型
磨刀不误砍柴工。我觉得对你来说，先把《Exploring Chem with Elect Struct Method》读完，再读一本linux入门书，你再来咱们版继续讨论吧！真心建议

8楼2014-03-29 11:30:18

nima0332

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引用回帖:

8楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-03-29 11:30:18
楼主一个短消息把我喊来了发现楼上专家说的好极了我补充几句吧
第一你明显是把所谓的蒙脱石作为一个cluster来处理了问题是你需要对边界进行饱和吗？如果需要，用什么原子饱和？如果不需要，有什么理由不需要？ ...

谢谢小卒老师～
最读了一些高斯的教程，linux操作也基本可以满足高斯要求，但读完了觉得好些问题还需要点拨一下。。，这段时间在论坛上发的那么多，真的抱歉劳烦大家了。。我有时候太急太浮躁了。我会努力提高发帖质量的。

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9楼2014-03-29 12:32:42

nima0332

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引用回帖:

那个黄曲霉素截图我发错了。。自己用的时候构型还是正确的。。（没想到大家对分子构型这么敏感-_-||果然不愧是量化的）

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10楼2014-03-29 12:36:07

普通回帖

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想用高斯计算，在水中，蒙脱石对黄曲霉毒素的吸附作用。
因为觉得仅根据自己浅薄的认知，无法考虑到真实的实验条件，再次向各位求教；
小弟最近在量化版发问颇多，多谢各位虫友的帮助，待知识再略成体系，定然尝试为论坛贡献一些力量。真的感谢。。。。

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2楼2014-03-28 21:36:46

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小弟目前收到三条建议：
1 若A-Ca+B一起计算，应当保持整个体系电荷平衡，即一个同晶置换的Mg，产生一个负电荷，那么体系的Ca离子应当和其对应，保持体系电荷平衡；
2 初始结构有问题，应当用分子动力学的方法查找适合的初始结构（这个我真的不太会，是否还得从头学。。）
3 晶体结构应当在MS里优化；

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3楼2014-03-28 22:53:28

nima0332

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引用回帖:

4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-03-29 00:57:38
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首先你的问题的本质是通过实验现象得出了一些A-Ca(2+)-B离子键桥(Ion bridge)作用的假说(hypothesis)，然后想用计算进行验证。其实这里面包含多个问题，第一，该假说是否正确 ...

真是顿时有一种醍醐灌顶的感觉！！万分感谢！！

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6楼2014-03-29 09:52:44