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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算，溶液中蒙脱石与黄曲霉毒素的相互作用
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 金币+5 2014-03-30 05:26:12
不像前面连个前辈那么厉害，我是个老菜鸟。上次看到你的帖子，好像和你说过用Gaussian处理这样的体系不是很好，如果你有Dmol3的版权，建议还是用PBE-D/DNP/COSMO溶剂化的水平来做比较好，至少能够保证模型还能够稍微合理一些。

撇开什么程序，有机物与表面的吸附你知道是依靠静电力或是氢键，很显然B3LYP不是好的选择，但是更好的泛函对于这个体系显然计算速度很慢。再退一步，即便用Gaussian，直接采用qc不是个好办法，计算速度慢很多，如果构型不够合理，就算采用强制收敛也解决不了什么问题。

我不知道你指的MS下的优化是怎么个理论水平优化，平面波的方法对于周期体系显然精确一些，Dmol3计算速还可以，精度略差一些，你也可以分子力场优化，不过这就不是一回事了。

另外，主张用Dmol3的原因是可以计算周期体系，这样一次就可以把“双层”问题解决。我估计你想得到类似最下面那幅图的双层，实际Gaussian要做这样的模型基本困难。当中水中的离子像表面迁移这个过程通过量子化学的计算量基本别想。只能通过吸附能来进行大致的判断，以往处理的方式都是（力场的）分子动力学。

其他问题上面前辈都已经指明了。只是说一些自己的想法。
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nima0332
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
11楼2014-03-29 23:54:32
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nima0332

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-03-29 23:54:32
不像前面连个前辈那么厉害，我是个老菜鸟。上次看到你的帖子，好像和你说过用Gaussian处理这样的体系不是很好，如果你有Dmol3的版权，建议还是用PBE-D/DNP/COSMO溶剂化的水平来做比较好，至少能够保证模型还能够稍微 ...

感谢
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仁者不以盛衰改节，义者不以生死易心
12楼2014-03-31 08:33:09
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tutu20131011

金虫 (小有名气)
请问你是做物理吸附黄曲霉毒素的吗？那你的专一性及二次污染问题怎么考虑呢？求赐教！
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分享-生活-平衡
13楼2014-07-21 16:34:53
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