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dreamfly_ykf木虫 (正式写手)
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模拟中的密度计算 已有1人参与
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在分子模拟中一般可以计算得到某个分子沿着z轴的密度分布，我看到有的文献给出的直接是密度值，例如水和冰混合层中计算得到沿着z轴的密度，一边是1一边是0.94. 这是如何实现呢，求教高手给个思路，比如公式之类的。 |
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 晶体模型计算分析 |
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tim562944200
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dreamfly_ykf
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【答案】应助回帖
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dreamfly_ykf: 金币+10, ★有帮助 2013-12-24 09:14:32
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dreamfly_ykf: 金币+10, ★有帮助 2013-12-24 09:14:32
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LAMMPS中切片厚度并不是根据分子或原子数确定，是根据需要自己确定切片的厚度，从而决定划分切片的数量，也就是最后统计样本点的数量。 例如沿着Z方向切片，如果Z方向模拟盒长度为100nm,你设定切片厚度delta=1nm,lammps执行到这个命令时会自动分成100个切片，如果你设定delta=2nm，则会分成50个切片。分成切片之后fix ave/spatial 可以计算各个切片中的密度 应力 压强等很多性质。 当然这只是最简单一种设定，还有很多其他的设置建议仔细参考lammps手册中fix ave/spatial command的介绍。 |
4楼2013-12-18 13:42:56