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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

[求助] 模拟中的密度计算 已有1人参与

在分子模拟中一般可以计算得到某个分子沿着z轴的密度分布,我看到有的文献给出的直接是密度值,例如水和冰混合层中计算得到沿着z轴的密度,一边是1一边是0.94.
这是如何实现呢,求教高手给个思路,比如公式之类的。
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tim562944200

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-18 08:49:52
dreamfly_ykf: 金币+10, 有帮助 2013-12-18 09:19:18
求密度沿着某方向的分布,可以将模拟盒在此方向上划分切片,统计每一切片当中的分子数密度或是质量密度,在LAMMPS中参考fix ave/spatial command来计算density/number, density/mass 就可以实现
2楼2013-12-17 20:04:13
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

切片厚度如何选择呢,是自己设置比如0.1nm,按照切片内的分子数目除以体积吗?
那么分子数如何确定,因为可能有的分子在两个切片之间。
自古明王圣帝,犹须勤学,况凡庶乎!
3楼2013-12-18 09:20:49
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tim562944200

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-12-19 12:32:42
dreamfly_ykf: 金币+10, 有帮助 2013-12-24 09:14:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2013-12-18 09:20:49
切片厚度如何选择呢,是自己设置比如0.1nm,按照切片内的分子数目除以体积吗?
那么分子数如何确定,因为可能有的分子在两个切片之间。

LAMMPS中切片厚度并不是根据分子或原子数确定,是根据需要自己确定切片的厚度,从而决定划分切片的数量,也就是最后统计样本点的数量。
例如沿着Z方向切片,如果Z方向模拟盒长度为100nm,你设定切片厚度delta=1nm,lammps执行到这个命令时会自动分成100个切片,如果你设定delta=2nm,则会分成50个切片。分成切片之后fix ave/spatial 可以计算各个切片中的密度 应力 压强等很多性质。
当然这只是最简单一种设定,还有很多其他的设置建议仔细参考lammps手册中fix ave/spatial command的介绍。
4楼2013-12-18 13:42:56
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