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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】计算电子密度图【已解决】
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liyongxiu

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算电子密度图【已解决】已有2人参与

请问谁告诉下怎么计算分子电子密度图及电子密度差图哦，折磨了四五天了555555，先谢谢各位了


呵呵，我已经画好，若其它虫虫有其他好的方法希望能继续分享，讨论。
我的如下：用guassview和guassian画，就是我们用复合物总电子密度的cube文件减去两个单体的（用cubeman程序）。用guassview打开最后生成的cube文件。cube文件生成步骤: chk---fch--cube。所有程序都我都在guassian 的utilities菜单兰下算的。望对大家有用。但是，电子密度差图怎么分析呢？不是很懂。

[ Last edited by cadick on 2009-12-11 at 02:32 ]
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1楼2009-04-01 20:18:15
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhaohscas1976

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
q68(金币+2,VIP+0):很好的讨论！ 5-26 15:38
zeoliters(金币+2,VIP+0):感谢分享！ 5-26 13:07
首先，你要指明你用的是什么计算工具，不同的计算工具的后处理工具的能力也有很大的不同。

比如vasp，就有lev00可以比较好的处理电荷密度的问题，另外lev00的作者说明该工具也可以处理castep的电荷密度，但该工具对于较高的castep版本并不没有多少更新。

下面我以castep的情况为例，说明如下：总的来说，如果你要得到高质量的图的话，还是比较复杂的。我分述如下：

1- 我所说的高质量的图是指导出相应的数据文件，然后自己编程或用工具软件处理得到矢量图，而不是用material studio的gui界面出图。

2- 对于电荷密度图，material studio 可以直接导出相应的数据文件。对于电荷密度差图，material studio 并不能直接导出相应的数据文件，但是可以使用剑桥大学的 Michael Rutter 博士开发的 check2sxf 来提取得到电荷密度差数据。

3- 上面所说的电荷密度或电荷密度差的数据文件，都是三维网格数据格式的，而一般情况下，我们感兴趣的是某个晶面上的点和密度（差）的分布情况。故仍需要对上面的数据做插值或抽取处理。

在工具上可以使用origin或matlab或tecplot来完成。当然，比较高级的方法是用fortran编程来完成。

4-  最难处理的情况是获得三斜晶格的某个晶面上的点和密度（差）分布，除此情况之外，其他的都比较容易获取。

暂时说到这里，看大家的反应再进一步讨论。
引用回帖:
Originally posted by liyongxiu at 2009-4-1 20:18:
请问谁告诉下怎么计算分子电子密度图及电子密度差图哦，折磨了四五天了555555，先谢谢各位了

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3楼2009-05-26 12:04:32
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wenmenkui

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你用什么软件计算的
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2楼2009-05-25 20:55:20
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
向3楼学习了
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人生需要多少等待？
4楼2009-05-26 20:24:29
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liyongxiu

木虫 (正式写手)

好深奥哦

★
dongdong3881(金币+1,VIP+0):谢谢参与 10-29 18:41
天，zhaohscas1976  好深奥， ，我的知识有限，望你能不能再详细点说说你这个方法哦。不过最近我已经学习用guassview和guassian画，就是我们用复合物总电子密度的cube文件减去两个单体的。用guassview打开最后生成的cube文件。cube文件生成步骤: chk---fch--cube。这些程序都在guassian 的utilities菜单兰下都有。望对大家有作用。
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5楼2009-06-09 09:05:50
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zhaohscas1976

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
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fegg7502(金币+2,VIP+0):感谢交流 6-11 17:32
1- 其实也不算深奥，你只要按照我提供的工具的名称去了解相应的出图或数据提取方法。

2- 比较关键的一点是：最好加强一下自己的脚本编写能力，我指的是linux和unix的脚本工具的运用能力。搞计算的，离不开这些工具。这些工具主要包括：grep，sed，(g)awk, 等。

很多时候，我们必须自己动手才能得到要进一步处理的数据。
引用回帖:
Originally posted by liyongxiu at 2009-6-9 09:05:
天，zhaohscas1976  好深奥， ，我的知识有限，望你能不能再详细点说说你这个方法哦。不过最近我已经学习用guassview和guassian画，就是我们用复合物总电子密度的cube文件减去两个单体的。用guassview打开最后生成 ...

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6楼2009-06-10 10:40:14
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liyongxiu

木虫 (正式写手)

天，不会编程，

很笨啊我，你能告诉我需要看什么样的书吗？
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7楼2009-06-11 08:47:57
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

优秀版主
不错。。顶
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心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
8楼2009-06-11 17:32:33
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medicine1031

铜虫 (小有名气)
请问：我用MS计算了半导体的电子密度之后，怎么输出二维图像啊？怎么选择你需要的那个面？？？
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9楼2009-06-23 09:30:19
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iowapanda

木虫 (正式写手)
you can try jana
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10楼2009-07-18 09:33:13
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