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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！
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cherrily

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！已有8人参与

几何优化模型之后，我计算了轨道，得到结果outmol文件
第一个问题：
里面显示如下：
Fermi Energy   0.15390Ha     4.188eV   -kTS_e= -0.014745Ha
  HOMO is orbital number    40
  LUMO is orbital number    41

    state                         eigenvalue        occupation
                              (au)          (ev)

    1   -   1   a        -18.607907      -506.347     1.000
    2   +   1   a        -18.607857      -506.346     1.000
    3   -   2   a        -18.607726      -506.342     1.000
    4   +   2   a        -18.607658      -506.340     1.000
。
。
。   
   34   +  17   a         -0.079579        -2.165     1.000
   35   -  18   a         -0.079369        -2.160     1.000
   36   +  18   a         -0.079285        -2.157     1.000
   37   -  19   a         -0.077259        -2.102     1.000
   38   +  19   a         -0.077139        -2.099     1.000
   39   +  20   a         -0.076044        -2.069     1.000
   40   -  20   a         -0.075971        -2.067     1.000
   41   -  21   a          0.161169         4.386     0.189
   42   +  21   a          0.161405         4.392     0.182
   43   -  22   a          0.162940         4.434     0.141
   44   +  22   a          0.163105         4.438     0.137
我查看了以前的老贴子，说电子密度就是轨道的平方，在import之后我是可以得到HOMO的图的，这里显示的特征值是不是就是轨道函数呢？

第二个问题：
        Total E (au)     Binding E (au)     Convergence     Time (m)   Iter
-----------------------------------------------------------------------------
Ef      -305.5343502       -1.2624257         0.83E-04        0.623     26

binding energy  -1.262426Ha  -34.35236eV   -792.200kcal/mol   -3314.564kJ/mol
这个Ef的能量是不是就是费米能级的能量？那我理解为HOMO的能量，对不对呢？

第三个问题：
上一个问题的数据中，Binding E的数值是费米能级的什么结合能？

第四个问题：
计算布居结果如下
Mulliken population analysis

Mulliken atomic charges:
          charge    spin
  O(  1)  -0.592   0.001
  H(  2)   0.181  -0.004
  H(  3)   0.174  -0.004
  O(  4)  -0.595  -0.001
  H(  5)   0.162   0.005
  H(  6)   0.172   0.005

请问这个spin的数值能说明什么问题？这个例子里面的数据有说明了什么?

第五个问题：
Plotting output:
  property:                            file name:
  DMol3 total electron density                                4H2O-_density.grd            
  orbital   40  20 -a     -0.0760  1.00   4H2O-_homo.grd               
  orbital   41  21 -a      0.1614  0.18   4H2O-_lumo.grd               
这个里面显示的 -0.0760和0.1614 和第一个问题里面的轨道的特征值很相近，是不是就是特征值？如果是，为什么有一点差别？这是同一次收敛计算的结果啊。
如果不是，那是什么呢？

刚刚学习MS，对于outmol文件有很多不明白，问题问的会比较低一点，请大家不吝赐教，谢谢，已经发愁好几天了。
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1楼2010-05-21 15:22:16
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study163

木虫 (正式写手)

天生我材
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3):谢谢专家指导，辛苦了 2010-06-10 12:12:22
引用回帖:
Originally posted by cherrily at 2010-05-21 15:22:16:
几何优化模型之后，我计算了轨道，得到结果outmol文件
第一个问题：
里面显示如下：
Fermi Energy   0.15390Ha     4.188eV   -kTS_e= -0.014745Ha
  HOMO is orbital number    40
  LUMO is orbital numbe ...

1) 分子轨道波函数由各个原子的波函数线性组合而成，这里的值是对应的分子轨道波函数的本征值
2)你说的这个值是体系的总能
3）结合能已经有人回答了
4）这个数据里的charge说明了这个原子的电荷得失情况，正的为失去电子，负的为得到电子。spin那一项说明原子的自旋自矩（这个里面不考虑轨道磁矩）。正负为磁矩的方向
5）-0.0760和0.1614 和前面计算的是一样的，只是下面自动保留到小数点后四位，你如果看轨道系统的话，也会看到，本征值和第一个问题中的数据是对应的，只是保留到小数后三位。
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我的计算我做主
9楼2010-06-10 09:48:01
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普通回帖

ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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wuli8(金币+1): 2010-05-22 13:08:30
楼主问了很好的问题，我只能回答第3个问题，Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和，再除以总原子数。
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
2楼2010-05-22 11:45:59
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shengfengyu

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主的问题，我也不懂，同学习中，希望高手们能多多指点一下
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3楼2010-05-22 19:14:06
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水月慧心

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
嗯 随时关注这个帖子 希望有高手可以解答 帮顶
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4楼2010-05-23 10:16:30
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水月慧心

金虫 (正式写手)
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-23 10:28:46
另外对于第4个问题，我觉得spin值就是每个原子的磁矩，你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗？选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩，不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不确定 呵呵 希望高手赐教
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5楼2010-05-23 10:21:41
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cherrily

木虫 (正式写手)
★
wuli8(金币+1): 2010-05-23 20:54:04
引用回帖:
Originally posted by 水月慧心 at 2010-05-23 10:21:41:
另外对于第4个问题，我觉得spin值就是每个原子的磁矩，你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗？选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩，不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不 ...

我计算的时候有选spin-unrestricted
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6楼2010-05-23 17:35:27
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cherrily

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-05-22 11:45:59:
楼主问了很好的问题，我只能回答第3个问题，Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和，再除以总原子数。

请问是不是整个体系的结合能？
包括所有原子和离子的。
那么为什么是定义成除以原子数？
谢谢
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7楼2010-05-24 11:04:47
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cherrily

木虫 (正式写手)
，没有其他人再帮我看一下么？
谢谢
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8楼2010-06-08 09:23:18
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主你好！请问你就算的是周期型结构吗？我算的是碳管周期型结构，选择计算轨道时提示只能选择伽马点算，但是当我讲K点设为只有伽马点是还是不能算，还是出现那个提示，请问该怎么解决啊
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贵在坚持
10楼2013-04-19 14:51:24
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