| 查看: 2295 | 回复: 3 | ||
qyyos木虫 (著名写手)
|
[求助]
Dmol3用task里的energy计算单点能，应该取outmol里的哪个能量？ 已有1人参与
|
|
先请教个问题，Dmol3用task里的energy计算单点能，得到的outmol里有非常非常多的Ef 能量，如下面图中所示，我想知道，应该取哪个能量呢？ 在TS search的例子里，help里说的是opt cycle后的那个total energy，可是计算Energy的时候，没有那个能量···肿么破？？求指教 上个帖子，《Dmol3找过渡态出现多个虚频，用TS optimization修正多余虚频的时候出现警告，提交不了》 链接：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7206472&page=1&fpage= 里面有些错误，怕误导以后的虫子，想重新编辑，可以提示不能编辑了，重新写下，以示订正吧 原文： 用dmol3找过渡态，出现了-831的所需的虚频 和-46，-19的俩小虚频，想消掉这俩小的。 采用的方法是：tools-vibration analysis-选择-831，激活，产生一个轨迹文件-831.xtd。 在task里选择了TS optimization，然后提交这个-831.xtd文件进行运算。 结果提交不了，出现了警告In order to perform this calculation, a Hessian matrix must be present in the model. A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model. Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported. Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 就是图里这个警告，我不懂海森矩阵是啥东东，想请教下，怎么解决掉这个警告啊？ 解决：想要提交-831虚频的TS optimization的话，只需要在tools-vibration analysis-选择-831，选中，不要animation，然后提交就可以了。（提交的是xsd文件，而不是激活后的xtd文件）。另外hessian矩阵是个隐藏文件，用edit--insert from，来导入。  QQ图片.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿北交大材料工程总分358求调剂
已经有6人回复
-
312求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有19人回复
-
生物与医药273求调剂
已经有6人回复
-
301求调剂
已经有10人回复
-
专硕0854初试考材科基，求调剂
已经有5人回复
-
0703化学
已经有15人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有9人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有10人回复
-
求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Dmol3过渡态outmol
已经有3人回复
- Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题
已经有3人回复
- 请问Dmol3 中max iterations是管什么用的？谢谢大家了！
已经有13人回复
- MS在linux并行计算的outmol文件和optsumm不能生成能量曲线，各位高人可有好办法？
已经有18人回复
- 【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！
已经有11人回复
- 求助! DMol3 Run Status
已经有8人回复
2楼2014-04-04 11:08:27
qyyos
木虫 (著名写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 2873.4
- 散金: 2609
- 红花: 14
- 帖子: 1173
- 在线: 341.3小时
- 虫号: 656761
- 注册: 2008-11-18
- 专业: 理论和计算化学
，要是我换个新版本，我原来的数据还可以用吗？ 3楼2014-04-04 17:53:11
4楼2014-04-04 21:46:31
