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qyyos木虫 (著名写手)
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Dmol3用task里的energy计算单点能，应该取outmol里的哪个能量？已有1人参与
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先请教个问题，Dmol3用task里的energy计算单点能，得到的outmol里有非常非常多的Ef 能量，如下面图中所示，我想知道，应该取哪个能量呢？ 在TS search的例子里，help里说的是opt cycle后的那个total energy，可是计算Energy的时候，没有那个能量···肿么破？？求指教 上个帖子，《Dmol3找过渡态出现多个虚频，用TS optimization修正多余虚频的时候出现警告，提交不了》 链接：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7206472&page=1&fpage= 里面有些错误，怕误导以后的虫子，想重新编辑，可以提示不能编辑了，重新写下，以示订正吧 原文： 用dmol3找过渡态，出现了-831的所需的虚频 和-46，-19的俩小虚频，想消掉这俩小的。 采用的方法是：tools-vibration analysis-选择-831，激活，产生一个轨迹文件-831.xtd。 在task里选择了TS optimization，然后提交这个-831.xtd文件进行运算。 结果提交不了，出现了警告In order to perform this calculation, a Hessian matrix must be present in the model. A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model. Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported. Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 就是图里这个警告，我不懂海森矩阵是啥东东，想请教下，怎么解决掉这个警告啊？ 解决：想要提交-831虚频的TS optimization的话，只需要在tools-vibration analysis-选择-831，选中，不要animation，然后提交就可以了。（提交的是xsd文件，而不是激活后的xtd文件）。另外hessian矩阵是个隐藏文件，用edit--insert from，来导入。  QQ图片.jpg |
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qyyos
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，要是我换个新版本，我原来的数据还可以用吗？3楼2014-04-04 17:53:11