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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对

目标：计算有机物分子链在SiO2晶体表面的吸附能
1.建立1条有机物分子链（真实的有机物分子一条链大概有数万C原子，我只建立了8个C原子的链）模型并使用DMOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
2.建立二氧化硅模型并使用MOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
     根据二氧化硅的结构参数（从findit上看到，其他同学也可以看文献）构建模型，用cleave-surface建立表面，用build vacuum slab建立真空盒子，再用supercell功能拓展模型。最后得到的sio2模型大概是25*16*29 埃。
     使用DMOL3计算SIO2模型的能量
3.将1中优化过的有机物分子链复制到2中的优化过的SiO2模型，使用DMOL3计算SiO2的能量。
用1和2中的能量和减去3的能量，即为吸附能。

小弟有几个疑问，望高手解答。
1.算物质的能量时，我是先进行结构优化再用能量功能计算能量，是否累赘？是否只需用结构优化就可以了？
2.在这个过程中，我没有对SiO2模型进行原胞计算或者晶胞计算，就是直接切割表面，然后建立真空盒，在建立超胞，直接计算超薄体系，应该没问题吧？因为有机物分子链大于10 埃，所以模型不能见太小，而为了使其他周期中的的分子有机链不造成影响，因此构建了这个空间盒，离有机链分子最近的下一个周期的有机链分子的距离也能保证在10埃以上。
3 在复制有机链分子到SiO2表面时，大约使有机链分子中的原子里SiO2表面的距离是5 埃左右。这个距离有没有问题？因为是自己手动复制进去的，因此不能掌握具体的数据。只是想距离够近，如果平衡状态中的距离大于这个的话，那么分子自然往外面移动。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼 2012-03-16 19:32:27
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acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-03-16 22:12:28
flymice: 金币+7, ★★★很有帮助, 谢谢，还有些事情要麻烦你，不好意思。 2012-03-28 10:16:17
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中的设置
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2楼2012-03-16 21:34:18
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zhangdy

金虫 (小有名气)
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？
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3楼2012-03-28 09:37:21
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by acridine at 2012-03-16 21:34:18:
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中 ...

优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
4楼2012-03-28 10:15:54
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flymice

金虫 (著名写手)
★
御剑江湖: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-28 10:36:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangdy at 2012-03-28 09:37:21:
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？

我是根据参考文献做的。参考文献是包含十个碳原子的，我只用了八个碳原子。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2012-03-28 10:16:54
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 09:29:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by flymice at 2012-03-28 10:15:54:
优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。

优化只是为了得到晶格参数，之后利用这个参数来建立你的基底模型。因为可能和直接导入的晶体晶格参数有差别。
至于间距我感觉初值可能过大了，不过只是猜测而已，最好参考文献中提到的大概平衡位置。因为如果初试距离过大导致范氏力过小，同时又离平衡位置很远，会导致优化步数的大幅度增加，这对于大体系这是很痛苦的。
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6楼2012-03-28 16:05:44
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by acridine at 2012-03-28 16:05:44:
优化只是为了得到晶格参数，之后利用这个参数来建立你的基底模型。因为可能和直接导入的晶体晶格参数有差别。
至于间距我感觉初值可能过大了，不过只是猜测而已，最好参考文献中提到的大概平衡位置。因为如果初 ...

利用优化后的晶格参数建模就是将优化后的晶格转换为传统单胞然后再用supercell的方法建模？
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
7楼2012-03-30 09:21:29
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangdy at 2012-03-28 09:37:21:
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？

这当然是有影响的，我一般参照文献来选取。
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8楼2012-05-07 15:12:29
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