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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对
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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对

目标：计算有机物分子链在SiO2晶体表面的吸附能
1.建立1条有机物分子链（真实的有机物分子一条链大概有数万C原子，我只建立了8个C原子的链）模型并使用DMOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
2.建立二氧化硅模型并使用MOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
     根据二氧化硅的结构参数（从findit上看到，其他同学也可以看文献）构建模型，用cleave-surface建立表面，用build vacuum slab建立真空盒子，再用supercell功能拓展模型。最后得到的sio2模型大概是25*16*29 埃。
     使用DMOL3计算SIO2模型的能量
3.将1中优化过的有机物分子链复制到2中的优化过的SiO2模型，使用DMOL3计算SiO2的能量。
用1和2中的能量和减去3的能量，即为吸附能。

小弟有几个疑问，望高手解答。
1.算物质的能量时，我是先进行结构优化再用能量功能计算能量，是否累赘？是否只需用结构优化就可以了？
2.在这个过程中，我没有对SiO2模型进行原胞计算或者晶胞计算，就是直接切割表面，然后建立真空盒，在建立超胞，直接计算超薄体系，应该没问题吧？因为有机物分子链大于10 埃，所以模型不能见太小，而为了使其他周期中的的分子有机链不造成影响，因此构建了这个空间盒，离有机链分子最近的下一个周期的有机链分子的距离也能保证在10埃以上。
3 在复制有机链分子到SiO2表面时，大约使有机链分子中的原子里SiO2表面的距离是5 埃左右。这个距离有没有问题？因为是自己手动复制进去的，因此不能掌握具体的数据。只是想距离够近，如果平衡状态中的距离大于这个的话，那么分子自然往外面移动。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼 2012-03-16 19:32:27
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 09:29:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by flymice at 2012-03-28 10:15:54:
优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。

优化只是为了得到晶格参数，之后利用这个参数来建立你的基底模型。因为可能和直接导入的晶体晶格参数有差别。
至于间距我感觉初值可能过大了，不过只是猜测而已，最好参考文献中提到的大概平衡位置。因为如果初试距离过大导致范氏力过小，同时又离平衡位置很远，会导致优化步数的大幅度增加，这对于大体系这是很痛苦的。
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6楼2012-03-28 16:05:44
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acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-03-16 22:12:28
flymice: 金币+7, ★★★很有帮助, 谢谢，还有些事情要麻烦你，不好意思。 2012-03-28 10:16:17
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中的设置
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2楼2012-03-16 21:34:18
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zhangdy

金虫 (小有名气)
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？
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3楼2012-03-28 09:37:21
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by acridine at 2012-03-16 21:34:18:
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中 ...

优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
4楼2012-03-28 10:15:54
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