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cdxman

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于用Dmol3做吸附的一个小问题,望指点已有7人参与

当我把表面和气体都分别机构优化好了以后,应该模拟的是吸附过程的反应物了吧,我是否用键把表面和气体连在一起优化,还是把气体放在我认为合适的位置上进行优化,这两种优化方法有什么不同?
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新时代三心-看起来恶心,用起来舒心,留家里放心!
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xiaojivan

新虫 (小有名气)

同问,期待中
2楼2011-03-09 16:31:03
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liancsh

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
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zhang668(金币+2): 多些交流 2011-03-10 19:01:01
我认为应当把气体放在合适的位置上进行优化,因为你事先无法确定气体分子会以何种成键机制吸附在表面上。
我也用Demol做吸附,以后咱们可以多多交流!
3楼2011-03-10 14:12:07
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紫石婴宁

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zhang668(金币+2): 多谢交流 2011-03-10 19:01:22
把气体放在合适的优化位置上即可,成键问题则是优化完之后才需要考虑的
春暖花开,春意盎然,春心荡漾....
4楼2011-03-10 17:16:53
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cmwangdft

木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zhang668(金币+1): 多谢交流 2011-03-10 19:01:35
键显示或者不显示都是浮云,距离才是关键

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妙不可言
5楼2011-03-10 17:19:23
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WJ-MS

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
应该是直接放上去的,然后看优化后的结构,根据距离来分析是什么吸附……就是不知道,怎么放在顶位、桥位什么的……
加油!
6楼2012-03-26 16:13:58
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cuicui2397

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-03-26 16:13:58
应该是直接放上去的,然后看优化后的结构,根据距离来分析是什么吸附……就是不知道,怎么放在顶位、桥位什么的……

我就凭着感觉,把分子放在了所谓的顶位、桥位和间隙位,并考虑了平行或垂直于表面的问题,但优化后,发现构型没什么规律,无法判定哪个是最稳定构型,想向大家请教一下。谢谢。
7楼2013-06-02 12:11:02
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cuicui2397

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by cmwangdft at 2011-03-10 17:19:23
键显示或者不显示都是浮云,距离才是关键

怎么查看距离啊?优化后的吸附构型没规律性啊。谢谢!
8楼2013-06-02 12:20:24
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Madlife

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by cuicui2397 at 2013-06-02 12:11:02
我就凭着感觉,把分子放在了所谓的顶位、桥位和间隙位,并考虑了平行或垂直于表面的问题,但优化后,发现构型没什么规律,无法判定哪个是最稳定构型,想向大家请教一下。谢谢。...

新人同问啊
心之所向,无所畏惧。
9楼2013-10-27 15:21:34
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Madlife

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by cuicui2397 at 2013-06-02 12:11:02
我就凭着感觉,把分子放在了所谓的顶位、桥位和间隙位,并考虑了平行或垂直于表面的问题,但优化后,发现构型没什么规律,无法判定哪个是最稳定构型,想向大家请教一下。谢谢。...

新人同问
心之所向,无所畏惧。
10楼2013-11-06 23:33:27
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