应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对
81/1返回列表
查看: 2722  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对

目标：计算有机物分子链在SiO2晶体表面的吸附能
1.建立1条有机物分子链（真实的有机物分子一条链大概有数万C原子，我只建立了8个C原子的链）模型并使用DMOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
2.建立二氧化硅模型并使用MOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。
     根据二氧化硅的结构参数（从findit上看到，其他同学也可以看文献）构建模型，用cleave-surface建立表面，用build vacuum slab建立真空盒子，再用supercell功能拓展模型。最后得到的sio2模型大概是25*16*29 埃。
     使用DMOL3计算SIO2模型的能量
3.将1中优化过的有机物分子链复制到2中的优化过的SiO2模型，使用DMOL3计算SiO2的能量。
用1和2中的能量和减去3的能量，即为吸附能。

小弟有几个疑问，望高手解答。
1.算物质的能量时，我是先进行结构优化再用能量功能计算能量，是否累赘？是否只需用结构优化就可以了？
2.在这个过程中，我没有对SiO2模型进行原胞计算或者晶胞计算，就是直接切割表面，然后建立真空盒，在建立超胞，直接计算超薄体系，应该没问题吧？因为有机物分子链大于10 埃，所以模型不能见太小，而为了使其他周期中的的分子有机链不造成影响，因此构建了这个空间盒，离有机链分子最近的下一个周期的有机链分子的距离也能保证在10埃以上。
3 在复制有机链分子到SiO2表面时，大约使有机链分子中的原子里SiO2表面的距离是5 埃左右。这个距离有没有问题？因为是自己手动复制进去的，因此不能掌握具体的数据。只是想距离够近，如果平衡状态中的距离大于这个的话，那么分子自然往外面移动。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

吸附能的计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼 2012-03-16 19:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-03-16 22:12:28
flymice: 金币+7, ★★★很有帮助, 谢谢，还有些事情要麻烦你，不好意思。 2012-03-28 10:16:17
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中的设置
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-16 21:34:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdy

金虫 (小有名气)
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-28 09:37:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by acridine at 2012-03-16 21:34:18:
1。如果能量计算的参数和之前几何优化的是一致的，就没有必要重复计算了。
2。更合理的做法应该是先针对SiO2晶胞优化出晶格参数，之后再利用这个参数来建立slab模型
3。感觉5埃有可能已经过大了, 最好查查文献中 ...

优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
4楼2012-03-28 10:15:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
★
御剑江湖: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-28 10:36:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangdy at 2012-03-28 09:37:21:
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？

我是根据参考文献做的。参考文献是包含十个碳原子的，我只用了八个碳原子。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2012-03-28 10:16:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 09:29:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by flymice at 2012-03-28 10:15:54:
优化晶格参数以后，是不是还要将结果转换为传统单胞形式？5埃是0.5nm，似乎已在范德华力作用范围内，为什么还会小呢？望不吝赐教。

优化只是为了得到晶格参数，之后利用这个参数来建立你的基底模型。因为可能和直接导入的晶体晶格参数有差别。
至于间距我感觉初值可能过大了，不过只是猜测而已，最好参考文献中提到的大概平衡位置。因为如果初试距离过大导致范氏力过小，同时又离平衡位置很远，会导致优化步数的大幅度增加，这对于大体系这是很痛苦的。
赞一下 回复此楼
6楼2012-03-28 16:05:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by acridine at 2012-03-28 16:05:44:
优化只是为了得到晶格参数，之后利用这个参数来建立你的基底模型。因为可能和直接导入的晶体晶格参数有差别。
至于间距我感觉初值可能过大了，不过只是猜测而已，最好参考文献中提到的大概平衡位置。因为如果初 ...

利用优化后的晶格参数建模就是将优化后的晶格转换为传统单胞然后再用supercell的方法建模？
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
7楼2012-03-30 09:21:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangdy at 2012-03-28 09:37:21:
请问一下LZ，你在生成有机物分子时，其长度是如何考虑的？是不是根据晶体大小（特别是b值）选择？有机分子链太长或太短的影响有没有考虑？

这当然是有影响的，我一般参照文献来选取。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2012-05-07 15:12:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 flymice 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +12 不知道叫什么！ 2026-03-15 14/700 2026-03-16 16:45 by 我的船我的海
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +5 SUICHILD 2026-03-12 5/250 2026-03-14 14:53 by jean5056
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂！ +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 0856材料与化工353分求调剂 +11 NIFFFfff 2026-03-09 11/550 2026-03-10 18:36 by suyuanhai
[硕博家园] 木虫好像不热闹了，是不是？ +4 偏振片 2026-03-10 4/200 2026-03-10 09:51 by longwave
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭