| 查看: 3222 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
flymice金虫 (著名写手)
|
[求助]
求问我这样用DMOL3算吸附过程对不对
|
||
|
目标：计算有机物分子链在SiO2晶体表面的吸附能 1.建立1条有机物分子链（真实的有机物分子一条链大概有数万C原子，我只建立了8个C原子的链）模型并使用DMOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。 2.建立二氧化硅模型并使用MOL3的几何优化功能优化结构，其次用能量计算功能计算能量。 根据二氧化硅的结构参数（从findit上看到，其他同学也可以看文献）构建模型，用cleave-surface建立表面，用build vacuum slab建立真空盒子，再用supercell功能拓展模型。最后得到的sio2模型大概是25*16*29 埃。 使用DMOL3计算SIO2模型的能量 3.将1中优化过的有机物分子链复制到2中的优化过的SiO2模型，使用DMOL3计算SiO2的能量。 用1和2中的能量和减去3的能量，即为吸附能。 小弟有几个疑问，望高手解答。 1.算物质的能量时，我是先进行结构优化再用能量功能计算能量，是否累赘？是否只需用结构优化就可以了？ 2.在这个过程中，我没有对SiO2模型进行原胞计算或者晶胞计算，就是直接切割表面，然后建立真空盒，在建立超胞，直接计算超薄体系，应该没问题吧？因为有机物分子链大于10 埃，所以模型不能见太小，而为了使其他周期中的的分子有机链不造成影响，因此构建了这个空间盒，离有机链分子最近的下一个周期的有机链分子的距离也能保证在10埃以上。 3 在复制有机链分子到SiO2表面时，大约使有机链分子中的原子里SiO2表面的距离是5 埃左右。这个距离有没有问题？因为是自己手动复制进去的，因此不能掌握具体的数据。只是想距离够近，如果平衡状态中的距离大于这个的话，那么分子自然往外面移动。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 吸附能的计算 |
» 猜你喜欢
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有27人回复
-
我面上完蛋了
已经有12人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有7人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 巨正则系综蒙特卡洛方法是怎样计算吸附过程的
已经有14人回复
- 求助DFT计算中CuCl2在γ-Al2O3 表面的吸附结构？
已经有5人回复
- DMOL3模块动力学计算分子吸附
已经有5人回复
- 【求助】关于用Dmol3做吸附的一个小问题，望指点
已经有9人回复
- 【求助】用DMOL3怎么算钛原子能量
已经有11人回复
- 【求助成功】dmol3算C60吸附Al原子的怪异结果
已经有17人回复
- 【求助】关于Dmol3的吸附问题
已经有6人回复
- 【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题
已经有21人回复
- 【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！
已经有11人回复
- 【求助】DMol3优化参数的选择
已经有17人回复
flymice
金虫 (著名写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 1166.7
- 散金: 1072
- 红花: 6
- 帖子: 2592
- 在线: 498.9小时
- 虫号: 1053017
- 注册: 2010-07-06
- 性别: GG
- 专业: 智能材料
7楼2012-03-30 09:21:29
acridine
木虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 11
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 4901.6
- 红花: 13
- 帖子: 706
- 在线: 389.5小时
- 虫号: 305478
- 注册: 2006-12-10
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2012-03-16 21:34:18
zhangdy
金虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 5151.4
- 散金: 1
- 红花: 2
- 帖子: 157
- 在线: 182.4小时
- 虫号: 545531
- 注册: 2008-04-14
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-03-28 09:37:21
flymice
金虫 (著名写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 1166.7
- 散金: 1072
- 红花: 6
- 帖子: 2592
- 在线: 498.9小时
- 虫号: 1053017
- 注册: 2010-07-06
- 性别: GG
- 专业: 智能材料
4楼2012-03-28 10:15:54
