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cherrily

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度,谢谢! 已有8人参与

几何优化模型之后,我计算了轨道,得到结果outmol文件
第一个问题:
里面显示如下:
Fermi Energy   0.15390Ha     4.188eV   -kTS_e= -0.014745Ha
  HOMO is orbital number    40
  LUMO is orbital number    41

    state                         eigenvalue        occupation
                              (au)          (ev)

    1   -   1   a        -18.607907      -506.347     1.000
    2   +   1   a        -18.607857      -506.346     1.000
    3   -   2   a        -18.607726      -506.342     1.000
    4   +   2   a        -18.607658      -506.340     1.000


。   
   34   +  17   a         -0.079579        -2.165     1.000
   35   -  18   a         -0.079369        -2.160     1.000
   36   +  18   a         -0.079285        -2.157     1.000
   37   -  19   a         -0.077259        -2.102     1.000
   38   +  19   a         -0.077139        -2.099     1.000
   39   +  20   a         -0.076044        -2.069     1.000
   40   -  20   a         -0.075971        -2.067     1.000
   41   -  21   a          0.161169         4.386     0.189
   42   +  21   a          0.161405         4.392     0.182
   43   -  22   a          0.162940         4.434     0.141
   44   +  22   a          0.163105         4.438     0.137
我查看了以前的老贴子,说电子密度就是轨道的平方,在import之后我是可以得到HOMO的图的,这里显示的特征值是不是就是轨道函数呢?

第二个问题:
        Total E (au)     Binding E (au)     Convergence     Time (m)   Iter
-----------------------------------------------------------------------------
Ef      -305.5343502       -1.2624257         0.83E-04        0.623     26

binding energy  -1.262426Ha  -34.35236eV   -792.200kcal/mol   -3314.564kJ/mol
这个Ef的能量是不是就是费米能级的能量?那我理解为HOMO的能量,对不对呢?

第三个问题:
上一个问题的数据中,Binding E的数值是费米能级的什么结合能?

第四个问题:
计算布居结果如下
Mulliken population analysis

Mulliken atomic charges:
          charge    spin
  O(  1)  -0.592   0.001
  H(  2)   0.181  -0.004
  H(  3)   0.174  -0.004
  O(  4)  -0.595  -0.001
  H(  5)   0.162   0.005
  H(  6)   0.172   0.005

请问这个spin的数值能说明什么问题?这个例子里面的数据有说明了什么?

第五个问题:
Plotting output:
  property:                            file name:
  DMol3 total electron density                                4H2O-_density.grd            
  orbital   40  20 -a     -0.0760  1.00   4H2O-_homo.grd               
  orbital   41  21 -a      0.1614  0.18   4H2O-_lumo.grd               
这个里面显示的 -0.0760和0.1614 和第一个问题里面的轨道的特征值很相近,是不是就是特征值?如果是,为什么有一点差别?这是同一次收敛计算的结果啊。
如果不是,那是什么呢?

刚刚学习MS,对于outmol文件有很多不明白,问题问的会比较低一点,请大家不吝赐教,谢谢,已经发愁好几天了。
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study163

木虫 (正式写手)

天生我材

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zzy870720z(金币+3):谢谢专家指导,辛苦了 2010-06-10 12:12:22
引用回帖:
Originally posted by cherrily at 2010-05-21 15:22:16:
几何优化模型之后,我计算了轨道,得到结果outmol文件
第一个问题:
里面显示如下:
Fermi Energy   0.15390Ha     4.188eV   -kTS_e= -0.014745Ha
  HOMO is orbital number    40
  LUMO is orbital numbe ...

1) 分子轨道波函数由各个原子的波函数线性组合而成,这里的值是对应的分子轨道波函数的本征值
2)你说的这个值是体系的总能
3)结合能已经有人回答了
4)这个数据里的charge说明了这个原子的电荷得失情况,正的为失去电子,负的为得到电子。spin那一项说明原子的自旋自矩(这个里面不考虑轨道磁矩)。正负为磁矩的方向
5)-0.0760和0.1614 和前面计算的是一样的,只是下面自动保留到小数点后四位,你如果看轨道系统的话,也会看到,本征值和第一个问题中的数据是对应的,只是保留到小数后三位。
我的计算我做主
9楼2010-06-10 09:48:01
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普通回帖

ym23

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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wuli8(金币+1): 2010-05-22 13:08:30
楼主问了很好的问题,我只能回答第3个问题,Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和,再除以总原子数。
博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
2楼2010-05-22 11:45:59
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shengfengyu

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主的问题,我也不懂,同学习中,希望高手们能多多指点一下
3楼2010-05-22 19:14:06
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水月慧心

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
嗯 随时关注这个帖子 希望有高手可以解答 帮顶
4楼2010-05-23 10:16:30
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水月慧心

金虫 (正式写手)

★ ★
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-05-23 10:28:46
另外对于第4个问题,我觉得spin值就是每个原子的磁矩,你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗?选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩,不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不确定 呵呵 希望高手赐教
5楼2010-05-23 10:21:41
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cherrily

木虫 (正式写手)


wuli8(金币+1): 2010-05-23 20:54:04
引用回帖:
Originally posted by 水月慧心 at 2010-05-23 10:21:41:
另外对于第4个问题,我觉得spin值就是每个原子的磁矩,你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗?选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩,不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不 ...

我计算的时候有选spin-unrestricted
6楼2010-05-23 17:35:27
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cherrily

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-05-22 11:45:59:
楼主问了很好的问题,我只能回答第3个问题,Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和,再除以总原子数。

请问是不是整个体系的结合能?
包括所有原子和离子的。
那么为什么是定义成除以原子数?
谢谢
7楼2010-05-24 11:04:47
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cherrily

木虫 (正式写手)

,没有其他人再帮我看一下么?
谢谢
8楼2010-06-08 09:23:18
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与狼共舞701

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主你好!请问你就算的是周期型结构吗?我算的是碳管周期型结构,选择计算轨道时提示只能选择伽马点算,但是当我讲K点设为只有伽马点是还是不能算,还是出现那个提示,请问该怎么解决啊
贵在坚持
10楼2013-04-19 14:51:24
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