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liyongxiu木虫 (正式写手)
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【求助】计算电子密度图【已解决】 已有2人参与
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请问谁告诉下怎么计算分子电子密度图及电子密度差图哦，折磨了四五天了555555，先谢谢各位了 呵呵，我已经画好，若其它虫虫有其他好的方法希望能继续分享，讨论。 我的如下：用guassview和guassian画，就是我们用复合物总电子密度的cube文件减去两个单体的（用cubeman程序）。用guassview打开最后生成的cube文件。cube文件生成步骤: chk---fch--cube。所有程序都我都在guassian 的utilities菜单兰下算的。望对大家有用。但是，电子密度差图怎么分析呢？不是很懂。 [ Last edited by cadick on 2009-12-11 at 02:32 ] |
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首先，你要指明你用的是什么计算工具，不同的计算工具的后处理工具的能力也有很大的不同。 比如vasp，就有lev00可以比较好的处理电荷密度的问题，另外lev00的作者说明该工具也可以处理castep的电荷密度，但该工具对于较高的castep版本并不没有多少更新。 下面我以castep的情况为例，说明如下：总的来说，如果你要得到高质量的图的话，还是比较复杂的。我分述如下： 1- 我所说的高质量的图是指导出相应的数据文件，然后自己编程或用工具软件处理得到矢量图，而不是用material studio的gui界面出图。 2- 对于电荷密度图，material studio 可以直接导出相应的数据文件。对于电荷密度差图，material studio 并不能直接导出相应的数据文件，但是可以使用剑桥大学的 Michael Rutter 博士开发的 check2sxf 来提取得到电荷密度差数据。 3- 上面所说的电荷密度或电荷密度差的数据文件，都是三维网格数据格式的，而一般情况下，我们感兴趣的是某个晶面上的点和密度（差）的分布情况。故仍需要对上面的数据做插值或抽取处理。 在工具上可以使用origin或matlab或tecplot来完成。当然，比较高级的方法是用fortran编程来完成。 4- 最难处理的情况是获得三斜晶格的某个晶面上的点和密度（差）分布，除此情况之外，其他的都比较容易获取。 暂时说到这里，看大家的反应再进一步讨论。 |
3楼2009-05-26 12:04:32
liyongxiu
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