24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2041  |  回复: 13

WSXP1104

新虫 (小有名气)

[求助] 微生物gDNA琼脂糖凝胶电泳,问题已有3人参与

琼脂糖凝胶电泳结果,如附件:
问题:1、样品1出现这中情况,有没有可能是上样量太大?
           2、样品2无条带?
            3、胶出现一半白一半稍黑的现象,是因为制胶时胶槽没有放平?

先谢谢了。

微生物gDNA琼脂糖凝胶电泳,问题
1.PNG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

WSXP1104

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2014-08-21 12:30:06
1. 从你的胶来看,你的胶没有充分凝固好,胶倒完要凝固至少30min,样品1中提取的DNA质量还算可以,一半基因组DNA分子量都比较大,所以会集中在胶的上部,减少上样量,胶可能跑的会更好看
2. 泳道2的确是没有提出DN ...

1,胶凝固30min. 我看过你发的帖子,说胶要薄,这个薄是不超过哦5mm吗?

2、gDNA在23kb左右。上样量:5ul样品+1ul Loading Buffer。样品1微生物数量E+9,样品量2微生物数量在E+2~E+3,洗脱的时候,样品1用了100ul  Buffer AE,样品2则用了50ul。

3、样品1出现这样的情况,是降解了吗?我提取的是肉中微生物的gDNA。样品2泳道出现雾状白色物质,是上样时飘洋?

4、Marker 条带弯弯的,月亮状态,这是?

5、附件是我之前做的,并没有出现一半白一半黑,核酸染料是Goldview I。
微生物gDNA琼脂糖凝胶电泳,问题-1
2.PNG

8楼2014-08-21 15:18:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

考拉003

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WSXP1104: 金币+1 2014-08-21 09:14:09
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-08-21 12:30:40
1,我之前跑胶也会出现这种问题,我也觉得可能是浓度太高了,你这是点了多少样品,太高的话可以点四五微升就够了。
2.没有条带
3.你说胶配完后是一边黑还是?我还没有遇到过,如果你放在扫胶仪中一半变黑的话是因为放置的问题,不要紧。
不是微生物专业的却进入微生物行业
2楼2014-08-20 21:08:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WSXP1104

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 考拉003 at 2014-08-20 21:08:17
1,我之前跑胶也会出现这种问题,我也觉得可能是浓度太高了,你这是点了多少样品,太高的话可以点四五微升就够了。
2.没有条带
3.你说胶配完后是一边黑还是?我还没有遇到过,如果你放在扫胶仪中一半变黑的话是因为 ...

我点了5ul样品,微生物是10的9次方级别,用100ul buffer AE 洗脱DNA。

你一般是用多少去洗脱DNA?
3楼2014-08-21 09:13:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-21 12:30:51
WSXP1104: 金币+1, 有帮助 2014-08-21 15:25:29
胶出现一半白一半稍黑的现象,是因为制胶时胶加了EB,当你跑胶时,下面的EB就跑出去了,所以最后就没有EB了,这也是为什么跑着跑着那些Marker的小条带很模糊或者消失了的原因。
4楼2014-08-21 10:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WSXP1104

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 鬼羽帝魂 at 2014-08-21 10:29:19
胶出现一半白一半稍黑的现象,是因为制胶时胶加了EB,当你跑胶时,下面的EB就跑出去了,所以最后就没有EB了,这也是为什么跑着跑着那些Marker的小条带很模糊或者消失了的原因。

我用的不是EB,我在制胶时加了Goldview I核酸染料。

80V跑了30min.
5楼2014-08-21 10:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by WSXP1104 at 2014-08-21 10:37:37
我用的不是EB,我在制胶时加了Goldview I核酸染料。

80V跑了30min....

Goldview I核酸染料也是带电荷的吧?是的话就会移动。
6楼2014-08-21 11:39:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WSXP1104(西门吹雪170代发): 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-08-21 15:34:23
WSXP1104: 金币+2, 有帮助 2014-08-21 15:40:15
1. 从你的胶来看,你的胶没有充分凝固好,胶倒完要凝固至少30min,样品1中提取的DNA质量还算可以,一半基因组DNA分子量都比较大,所以会集中在胶的上部,减少上样量,胶可能跑的会更好看
2. 泳道2的确是没有提出DNA,可能是在提取过程中DNA降解了
3. 胶一半白一半黑,我猜你用的是EB染料,EB带正电,电泳时会向正极移动,所以下面的EB往上跑了就会显得不亮,如果你用的是其他染料,如果染料带电的话,也会出现这种情况
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2014-08-21 12:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WSXP1104

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 考拉003 at 2014-08-20 21:08:17
1,我之前跑胶也会出现这种问题,我也觉得可能是浓度太高了,你这是点了多少样品,太高的话可以点四五微升就够了。
2.没有条带
3.你说胶配完后是一边黑还是?我还没有遇到过,如果你放在扫胶仪中一半变黑的话是因为 ...

在凝胶成像系统中,就可以看到胶一半偏黑,我这是把胶放中间,把胶移动到偏上的位置,预览就只能看到胶的一部分,怎么弄?
9楼2014-08-21 15:30:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WSXP1104: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-21 17:19:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by WSXP1104 at 2014-08-21 15:18:16
1,胶凝固30min. 我看过你发的帖子,说胶要薄,这个薄是不超过哦5mm吗?

2、gDNA在23kb左右。上样量:5ul样品+1ul Loading Buffer。样品1微生物数量E+9,样品量2微生物数量在E+2~E+3,洗脱的时候,样品1用了100ul ...

1. 胶的厚薄根据你的梳子调整,薄胶大概1/3梳齿深,也即梳子的齿1/3插在胶中

2. 样品1,提的还好,gDNA可用,样品2没有提到DNA或者DNA降解

3. 泳道1,不一定是降解,小片段DNA的产生也可能是你在提取过程的机械损伤,这个是避免不了的,样品2前端是降解中的RNA,不是漂样

4. 胶要煮透,然后胶要充分凝固,减少上样量(Marker也是)

5. http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3771137  8楼前西瓜版主的回答
"和EB一样,GoldView电泳时会向负极移动(胶孔方向),所以电泳之后,靠近胶孔那边的背景会更亮,而另一半的胶背景会比较暗,这个是正常现象,不影响结果的。"
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
10楼2014-08-21 16:00:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 WSXP1104 的主题更新
信息提示
请填处理意见