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淡水三年

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR退火温度为什么要设置程序升温?已有3人参与

最近做PCR,文献中的PCR条件中退火温度是50~60°C,1min,很不明白这个温度条件是什么意思,在PCR仪上要怎么设定?
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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淡水三年: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-19 19:34:46
是退火温度梯度实验吧,同一个体系下,不同的退火温度,可能会有不同的结果条带,看在哪个温度下扩增的最好,条带清晰单一,在合成一个新的质粒或基因组插入片段之类的,有时会应用到退火温度梯度实验,和引物浓度梯度,模板浓度梯度等等,根据实际情况而定。至于怎么设定,有可以做这个的PCR仪,设置一个最低退火温度,和一个最高的退火温度,每一个竖排都是一个温度,把样品放入你想用的温度里就行,如果没有这种PCR仪,只能多用几台PCR仪了,每台设定不同的退火温度进行试验。希望对你有所帮助。
2楼2014-08-18 20:17:05
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孙妙妙

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:38
是温度梯度的意思,百乐的PCR仪就有这个功能,一般用来摸索退火温度的,设一个温度范围会有8个温度,你可以8个都做,也可以选其中的温度做
好好做实验!
3楼2014-08-18 22:38:23
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

也许他的意思只是这个温度范围内随便哪个都可以做。
4楼2014-08-19 07:57:11
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jpfwx

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:47
这个应该是说程序退火温度,例如60-50℃,每个循环降低0.5或者1℃,这样可以保证在不同退火温度下都能扩增出你想要的目的条带,然后根据引物的退火温度继续扩增35cycles。大部分PCR仪都有这个功能的。
也可以像二楼说的,先摸索退火温度。
年轻,拼搏
5楼2014-08-19 08:57:44
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淡水三年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ksws0465326 at 2014-08-18 20:17:05
是退火温度梯度实验吧,同一个体系下,不同的退火温度,可能会有不同的结果条带,看在哪个温度下扩增的最好,条带清晰单一,在合成一个新的质粒或基因组插入片段之类的,有时会应用到退火温度梯度实验,和引物浓度梯 ...

今天做了一下,条带出来了,但不是目标条带,根据文献,目标条带应该是389bp,但是我跑出来是750bp,跑了两次都这样,能不能帮忙分析下怎么回事?
6楼2014-08-19 19:39:12
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淡水三年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-08-19 07:57:11
也许他的意思只是这个温度范围内随便哪个都可以做。

今天做了一下,确实都能出条带,可惜都没有目标条带,跑出来比目标条带多了一倍
7楼2014-08-19 19:41:33
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 淡水三年 at 2014-08-19 19:39:12
今天做了一下,条带出来了,但不是目标条带,根据文献,目标条带应该是389bp,但是我跑出来是750bp,跑了两次都这样,能不能帮忙分析下怎么回事?...

大概说下你的反应内容,一,用的什么模板?质粒还是基因组,模板用内切酶鉴定是否正确,二,使用引物是否正确?三,用的什么聚合酶?Taq,EX Taq还是其他的?四,反应体系,和条件具体是怎样的?有时虽然文献是那么写的,但你实际操作起来不一定适合你的这个反应,各种物质的浓度,在体系中的浓度等等。你说跑出来是750bp我觉得很大程度上是引物弄错了。
8楼2014-08-19 21:16:25
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jpfwx

金虫 (小有名气)

最大可能是引物的问题,序列不对,专一性不够。
年轻,拼搏
9楼2014-08-21 09:05:49
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liuzhenhai

铁杆木虫 (正式写手)

保密需要。

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2014-08-21 09:33:06
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