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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序中EST、reads和map的意思
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伸手触梦

银虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序中EST、reads和map的意思 已有1人参与

差资料知道EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列那既然知道cDNA的序列为什么还要测这些小片段的序列，不是多此一举吗？还有所获得的约60-500bp的一段cDNA序列只是靠近5’末端或3’末端的60-500bp序列，还是从5’末端或3’末端依次测一段60-500bp的cDNA序列后，又接着测下一个60-500bp的一段cDNA序列呢，有点不懂它说的单向测序获得的60-500bp的一段cDNA序列是怎样获得的？转录组测序reads和map的意思也不懂？请大侠不吝赐教啊
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1楼 2014-08-18 09:52:05
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BioChen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 伸手触梦 at 2014-08-18 20:26:24
多谢您的帮助，我懂了许多。但还有几个不明白的地方：1，资料上说“EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆”，如果像您说的那样，先有EST，那最初的EST就是在测序时偶然发现的新片段咯，然后上传到NCBI上的dbES ...

是的，我们提取细胞RNA，然后反转录成cDNA，这就是一个cDNA库（cDNA library），和cDNA数据库是两回事哦。
你这样理解EST数据库，没什么问题。
据我所知，测序公司也不会拿转录组测序结果去比对dbEST。
如果一段序列出现在dbEST上了，说明它被转录了，可以从dbEST数据库中发现新的基因。至于它还有其他什么应用，你去ncbi看官方文档吧。
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4楼2014-08-19 19:41:45
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流！ 2014-08-18 18:09:27
伸手触梦: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-08-20 20:48:41
cDNA是有特异性的，不同细胞、不同时期、不同状态，它的cDNA都有可能不同。所以各种EST序列都是有价值的。
有一个顺序你搞反了，是先有EST数据库，才有cDNA数据库的。
EST序列是随机的短片段序列，序列的延伸不是做紧接着做实验做出来的，而是计算机拼接。
做转录组测序的流程，你可以去网上找资料看看。
一个read（读长）就是一条测序结果，一次测序大概会有几百万到上亿的reads，随着你的测序深度不同而异。
一个read，大概也就100bp左右，如果给你一大堆100bp左右的东西，你是看不懂的，所以要map（匹配）到基因组上，告诉这些片段一一属于那个基因，或者说每一个基因有多少片段。这样你就能做差异分析或者其他分析了。
不知道我说明白了没？
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2楼2014-08-18 17:53:33
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伸手触梦

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 17:53:33
cDNA是有特异性的，不同细胞、不同时期、不同状态，它的cDNA都有可能不同。所以各种EST序列都是有价值的。
有一个顺序你搞反了，是先有EST数据库，才有cDNA数据库的。
EST序列是随机的短片段序列，序列的延伸不是 ...

多谢您的帮助，我懂了许多。但还有几个不明白的地方：1，资料上说“EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆”，如果像您说的那样，先有EST，那最初的EST就是在测序时偶然发现的新片段咯，然后上传到NCBI上的dbEST，是这样吗？2，dbEST库是怎样用的呢，那是测序公司需要去比对的吗，我们一般用不到那个数据库是吧？不甚感激！！！
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3楼2014-08-18 20:26:24
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伸手触梦

银虫 (正式写手)
哎 现在来处理，忘记评分了，而现在怎么没法评分了
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5楼2015-04-14 11:25:11
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