应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序中EST、reads和map的意思
51/1返回列表
查看: 11208  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

伸手触梦

银虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序中EST、reads和map的意思 已有1人参与

差资料知道EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列那既然知道cDNA的序列为什么还要测这些小片段的序列，不是多此一举吗？还有所获得的约60-500bp的一段cDNA序列只是靠近5’末端或3’末端的60-500bp序列，还是从5’末端或3’末端依次测一段60-500bp的cDNA序列后，又接着测下一个60-500bp的一段cDNA序列呢，有点不懂它说的单向测序获得的60-500bp的一段cDNA序列是怎样获得的？转录组测序reads和map的意思也不懂？请大侠不吝赐教啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-18 09:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伸手触梦

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 17:53:33
cDNA是有特异性的，不同细胞、不同时期、不同状态，它的cDNA都有可能不同。所以各种EST序列都是有价值的。
有一个顺序你搞反了，是先有EST数据库，才有cDNA数据库的。
EST序列是随机的短片段序列，序列的延伸不是 ...

多谢您的帮助，我懂了许多。但还有几个不明白的地方：1，资料上说“EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆”，如果像您说的那样，先有EST，那最初的EST就是在测序时偶然发现的新片段咯，然后上传到NCBI上的dbEST，是这样吗？2，dbEST库是怎样用的呢，那是测序公司需要去比对的吗，我们一般用不到那个数据库是吧？不甚感激！！！
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-18 20:26:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流！ 2014-08-18 18:09:27
伸手触梦: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-08-20 20:48:41
cDNA是有特异性的，不同细胞、不同时期、不同状态，它的cDNA都有可能不同。所以各种EST序列都是有价值的。
有一个顺序你搞反了，是先有EST数据库，才有cDNA数据库的。
EST序列是随机的短片段序列，序列的延伸不是做紧接着做实验做出来的，而是计算机拼接。
做转录组测序的流程，你可以去网上找资料看看。
一个read（读长）就是一条测序结果，一次测序大概会有几百万到上亿的reads，随着你的测序深度不同而异。
一个read，大概也就100bp左右，如果给你一大堆100bp左右的东西，你是看不懂的，所以要map（匹配）到基因组上，告诉这些片段一一属于那个基因，或者说每一个基因有多少片段。这样你就能做差异分析或者其他分析了。
不知道我说明白了没？
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2014-08-18 17:53:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 伸手触梦 at 2014-08-18 20:26:24
多谢您的帮助，我懂了许多。但还有几个不明白的地方：1，资料上说“EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆”，如果像您说的那样，先有EST，那最初的EST就是在测序时偶然发现的新片段咯，然后上传到NCBI上的dbES ...

是的，我们提取细胞RNA，然后反转录成cDNA，这就是一个cDNA库（cDNA library），和cDNA数据库是两回事哦。
你这样理解EST数据库，没什么问题。
据我所知，测序公司也不会拿转录组测序结果去比对dbEST。
如果一段序列出现在dbEST上了，说明它被转录了，可以从dbEST数据库中发现新的基因。至于它还有其他什么应用，你去ncbi看官方文档吧。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-19 19:41:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伸手触梦

银虫 (正式写手)
哎 现在来处理，忘记评分了，而现在怎么没法评分了
赞一下 回复此楼
5楼2015-04-14 11:25:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-19 3/150 2026-03-19 13:36 by houyaoxu
[考研] 304求调剂 +6 司空. 2026-03-18 6/300 2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭！ 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭