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转录组测序中EST、reads和map的意思 已有1人参与
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| 差资料知道EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列那既然知道cDNA的序列为什么还要测这些小片段的序列，不是多此一举吗？还有所获得的约60-500bp的一段cDNA序列只是靠近5’末端或3’末端的60-500bp序列，还是从5’末端或3’末端依次测一段60-500bp的cDNA序列后，又接着测下一个60-500bp的一段cDNA序列呢，有点不懂它说的单向测序获得的60-500bp的一段cDNA序列是怎样获得的？转录组测序reads和map的意思也不懂？请大侠不吝赐教啊 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流！ 2014-08-18 18:09:27
伸手触梦: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-08-20 20:48:41
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cDNA是有特异性的，不同细胞、不同时期、不同状态，它的cDNA都有可能不同。所以各种EST序列都是有价值的。 有一个顺序你搞反了，是先有EST数据库，才有cDNA数据库的。 EST序列是随机的短片段序列，序列的延伸不是做紧接着做实验做出来的，而是计算机拼接。 做转录组测序的流程，你可以去网上找资料看看。 一个read（读长）就是一条测序结果，一次测序大概会有几百万到上亿的reads，随着你的测序深度不同而异。 一个read，大概也就100bp左右，如果给你一大堆100bp左右的东西，你是看不懂的，所以要map（匹配）到基因组上，告诉这些片段一一属于那个基因，或者说每一个基因有多少片段。这样你就能做差异分析或者其他分析了。 不知道我说明白了没？ |
2楼2014-08-18 17:53:33
3楼2014-08-18 20:26:24
4楼2014-08-19 19:41:45
5楼2015-04-14 11:25:11
