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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR特异性引物设计
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wocause

银虫 (小有名气)

[求助] PCR特异性引物设计 已有1人参与

最近打算做ITS特异性引物进行PCR鉴别的实验，查了下NCBI相关的序列很多，且不一致，从中随机选了几条序列用Mega进行多序列比对，序列间居然有很多的空位（见附图），按说同一段序列，物种的亲缘关系也不算太远的话，不应该出现这样的问题啊。着实不解！这个问题是出在哪儿呢？另如何通过多序列比对来进行引物设计呀？？？求各位大神指导，不胜感激！

PCR特异性引物设计
1.png
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1楼 2014-08-01 18:22:53
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wocause

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-08-01 22:48:42
扩18s进行菌种鉴定？直接用ITS1/ITS4通用引物做PCR就行了。给公司说做18s菌种鉴定的引物他们就明白了。你在网上随机找的片段本身亲缘关系就不一样，出现差异太正常了。

是为了建立一种新的鉴定方法，不用测序，直接电泳就可以检测出真伪。我是做中药鉴定的，不是菌种。求指导
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3楼2014-08-02 10:04:26
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:53:08
扩18s进行菌种鉴定？直接用ITS1/ITS4通用引物做PCR就行了。给公司说做18s菌种鉴定的引物他们就明白了。你在网上随机找的片段本身亲缘关系就不一样，出现差异太正常了。
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wocause
大家相互帮助哈
2楼2014-08-01 22:48:42
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luwei13566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wocause at 2014-08-02 10:04:26
是为了建立一种新的鉴定方法，不用测序，直接电泳就可以检测出真伪。我是做中药鉴定的，不是菌种。求指导...

你用ITS序列鉴定中药~？请详细说一下你的这个鉴定方法。
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大家相互帮助哈
4楼2014-08-02 23:11:31
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