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wocause

银虫 (小有名气)

[求助] PCR特异性引物设计 已有1人参与

最近打算做ITS特异性引物进行PCR鉴别的实验,查了下NCBI相关的序列很多,且不一致,从中随机选了几条序列用Mega进行多序列比对,序列间居然有很多的空位(见附图),按说同一段序列,物种的亲缘关系也不算太远的话,不应该出现这样的问题啊。着实不解!这个问题是出在哪儿呢?另如何通过多序列比对来进行引物设计呀???求各位大神指导,不胜感激!

PCR特异性引物设计
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-01 23:53:08
扩18s进行菌种鉴定?直接用ITS1/ITS4通用引物做PCR就行了。给公司说做18s菌种鉴定的引物他们就明白了。你在网上随机找的片段本身亲缘关系就不一样,出现差异太正常了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

大家相互帮助哈
2楼2014-08-01 22:48:42
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wocause

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-08-01 22:48:42
扩18s进行菌种鉴定?直接用ITS1/ITS4通用引物做PCR就行了。给公司说做18s菌种鉴定的引物他们就明白了。你在网上随机找的片段本身亲缘关系就不一样,出现差异太正常了。

是为了建立一种新的鉴定方法,不用测序,直接电泳就可以检测出真伪。我是做中药鉴定的,不是菌种。求指导
3楼2014-08-02 10:04:26
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luwei13566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wocause at 2014-08-02 10:04:26
是为了建立一种新的鉴定方法,不用测序,直接电泳就可以检测出真伪。我是做中药鉴定的,不是菌种。求指导...

你用ITS序列鉴定中药~?请详细说一下你的这个鉴定方法。
大家相互帮助哈
4楼2014-08-02 23:11:31
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