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悠悠飘杨

新虫 (小有名气)

[求助] PCR引物二聚体的问题 已有3人参与

请问大家,PCR产生引物二聚体时一般加5%的DMSO解除,但是如果加多了,会不会对PCR产生什么不好的影响?
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柠萌粉

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-29 11:59:03
引物二聚体多的时候少加点引物,提高退火温度就可以了
DMSO 5%以内是比较安全的,可以提高特异性,超过这个数字,可能就会对聚合酶产生一致
推荐还是用减少引物,提高退火温度的方法,DMSO实在要加,也别超过5%
2楼2014-07-29 11:10:21
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2014-07-29 11:59:10
加DMSO的时候退火温度也要适当降一点
大家相互帮助哈
3楼2014-07-29 11:47:10
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linzshit

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-29 18:22:37
我在clinic chemistry上看到有篇关于写Tm计算方式的文章,它上面给出的实际数据时DMSO每上涨1%,Tm下降0.75℃,当然了,具体可能不是这么多,当个参考。
4楼2014-07-29 15:57:35
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咸鱼~翻身

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by linzshit at 2014-07-29 15:57:35
我在clinic chemistry上看到有篇关于写Tm计算方式的文章,它上面给出的实际数据时DMSO每上涨1%,Tm下降0.75℃,当然了,具体可能不是这么多,当个参考。

求该文章,谢谢!
5楼2014-07-30 08:10:54
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linzshit

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 咸鱼~翻身 at 2014-07-30 08:10:54
求该文章,谢谢!...

Oligonucleotide Melting Temperatures under PCR Conditions: Nearest-Neighbor Corrections for Mg2+, Deoxynucleotide Triphosphate, and
Dimethyl Sulfoxide Concentrations with Comparison to Alternative Empirical Formulas
这是标题,应该能下载到
6楼2014-07-30 10:44:25
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悠悠飘杨

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 柠萌粉 at 2014-07-29 11:10:21
引物二聚体多的时候少加点引物,提高退火温度就可以了
DMSO 5%以内是比较安全的,可以提高特异性,超过这个数字,可能就会对聚合酶产生一致
推荐还是用减少引物,提高退火温度的方法,DMSO实在要加,也别超过5%

这个5%是指它在pcr体系中的浓度时5%,还是未加到Pcr体系之前的浓度是5%?
7楼2014-08-01 10:27:32
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柠萌粉

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 悠悠飘杨 at 2014-08-01 10:27:32
这个5%是指它在pcr体系中的浓度时5%,还是未加到Pcr体系之前的浓度是5%?...

加的应该是纯的DMSO,体系中终体积5%,比如你做25μL体系,不要加超过1.25μL
8楼2014-08-01 10:41:24
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悠悠飘杨

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 柠萌粉 at 2014-08-01 10:41:24
加的应该是纯的DMSO,体系中终体积5%,比如你做25μL体系,不要加超过1.25μL...

好的,谢谢
9楼2014-08-01 17:04:37
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二月smile

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 柠萌粉 at 2014-07-29 11:10:21
引物二聚体多的时候少加点引物,提高退火温度就可以了
DMSO 5%以内是比较安全的,可以提高特异性,超过这个数字,可能就会对聚合酶产生一致
推荐还是用减少引物,提高退火温度的方法,DMSO实在要加,也别超过5%

5%的DMSO,是在整个扩增体系(比如25ul)中的体积比吗?
10楼2016-05-03 20:35:13
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