| 查看: 2048 | 回复: 0 | ||
dxl20132009铜虫 (小有名气)
|
[求助]
用amber做DNA分子模拟
|
|
在生成prmtop和inpcrd文件的时候出现下面的错误，请求大侠的帮助？我该怎么修改？ > saveamberparm comp DNA_2pc_h.prmtop DNA_2pc_h.inpcrd Checking Unit. WARNING: The unperturbed charge of the unit: -34.000000 is not zero. FATAL: Atom .R<DA5 1>.A<P 31> does not have a type. FATAL: Atom .R<DA5 1>.A<OP1 32> does not have a type. FATAL: Atom .R<DA5 1>.A<OP2 33> does not have a type. FATAL: Atom .R<DA5 19>.A<P 31> does not have a type. FATAL: Atom .R<DA5 19>.A<OP1 32> does not have a type. FATAL: Atom .R<DA5 19>.A<OP2 33> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 37>.A<C 1> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 37>.A<N 2> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 37>.A<O 3> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 38>.A<C 1> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 38>.A<N 2> does not have a type. FATAL: Atom .R<PC 38>.A<O 3> does not have a type. Failed to generate parameters Parameter file was not saved. |
回复此楼» 猜你喜欢
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有6人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
-
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
amber怎么处理模拟前的DNA
已经有10人回复
- 蛋白之间相互作用的残基及作用力
已经有3人回复
- 关于amber官网的第一个练习
已经有3人回复
- 请问有没有哪位环境类的大神做分子模拟之类的
已经有5人回复
- 请问准备小分子配体时，有的准备不成功，是什么原因？
已经有5人回复
- 蛋白质的电荷不为整数问题
已经有3人回复
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- 基于小分子配体的药物设计---sybyl 纠结中......
已经有10人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- 用amber模拟γ-CD
已经有6人回复
- 用AMBER处理DNA分子，5‘端的碱基中的P与3个O为什么不能过力场？
已经有3人回复
- 用NAMD怎么计算MM-BPSA？
已经有3人回复
- AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 做分子的兄弟姐妹们平时常用的设计分析软件都有哪些呢？给新手指点一下吧O(∩_∩)O
已经有5人回复
- 【原创】从头建模和从头计算
已经有11人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
已经有6人回复
- 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
已经有42人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人