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我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,遇到困难,求助 万分感激!!! 已有1人参与
我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,两者合成为一个pdb好说,但是两个合成为一个top文件遇到问题。
1. 小分子的top文件我已经有了,但是DNA的top不知道怎么获得,虽然VMD可以自动生成psf文件,但是我需要它的top文件,怎么办?
2. 因为这个DNA我是处理过,删除了一部分原子,但是在自动生成psf的时候,它会guesscoord,会自动补齐删掉的原子,但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分,这个又该怎么处理?
谢谢各位大神们,不胜感激额!! |
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